python - 在不输入 FASTA 文件的情况下运行 clustalw2

Question

我怎样才能运行ClustalW2没有输入 FASTA 文件？

我可以在命令中添加管道吗？我目前正在关注section 6.2.1在 Biopython Tutorial and Cookbook .

Answer 1

关于使用 Biopython

我假设您希望使用 clustal 包装器 ClustalwCommandLine 。作为包装器，其功能是从实例创建适当的命令行调用。

我认为直接使用命令行工具通常更容易，使用 subprocess (因此完全跳过 Biopython)。

clustalw2 中的标准输入

咨询clustalw2 documentation ，我看不出有什么办法可以从 stdin 传递数据:

        DATA (sequences)

-INFILE=file.ext                             :input sequences.
-PROFILE1=file.ext  and  -PROFILE2=file.ext  :profiles (old alignment).

clustalo 中的标准输入

但是，如果可以选择升级到 Clustal Omega，您可以在 Clustal Omega documentation 中看到可以传递 - 来指示从 stdin 获取输入:

SEQUENCE INPUT:

-i, --in, --infile={<file>,-}
    Multiple sequence input file (- for stdin)

参见how do I pass a string in subprocess.Popen供引用，但简而言之:

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT


proc = Popen(['clustalwo', '-', <...>], stdout=PIPE, stdin=PIPE, stderr=STDOUT)
stdout = p.communicate(input='> Seq one\nATCGCTACGCACTACGTACG...')