python - 用python制作动态自定义图

Question

已关闭。此问题不符合 Stack Overflow guidelines 。目前不接受答案。

---

已关闭 9 年前。

• 此问题似乎偏离主题，因为缺乏足够的信息来诊断问题。更详细地描述您的问题或 include a minimal example在问题本身。
• 要求提供代码的问题必须表现出对所解决问题的最低限度的了解。包括尝试的解决方案、为什么它们不起作用以及预期结果。另请参阅:Stack Overflow question checklist

Improve this question

我目前正在开发一个项目，需要生成自定义图表 (here are some examples) 。这些图表基于 DNA 或蛋白质比对，其中 x 轴是 DNA 或蛋白质序列中的位置，字母的高度是该位置处出现的碱基或氨基酸的频率。我可以完成所有计算，但这是我第一次尝试制作图形，甚至不知道从哪里开始弄清楚如何制作它。欢迎任何帮助，并且该项目需要使用 python(生物信息学领域当前的炒作)。

Answer 1

您应该检查与(序列)主题搜索相关的程序。
Biopython有一个module for this purpose .

您还可以检查 LaiaMotifs 的来源(这里是作者)它针对的是肽，但可以很容易地适应 DNA。

这是您可以使用 LaiaMotifs 获得的典型图形:

为了回答您有关策略的问题，LaiaMotifs 使用每种氨基酸的图像。然后，它计算每个位置的频率，并根据这些值调整图像大小。每个位置都是一列字母。最后连接图中的所有列。对于所有这些图像处理，您可以使用 PIL图书馆。