python - Networkx 解析 gml 写入不可用的 gml 文件

Question

我一直在尝试将一些附加属性解析到 networkx gml 中以供稍后使用，但我遇到了问题。

当从 Cytoscape 获得 gml 文件时，networkx 会输出一个它本身无法读取的 gml 文件。

即Cytoscape -> 进入networkx -> 输出 -> 进入networkx -> 错误:

pyparsing.ParseException: Expected "]" (at char 1116756), (line:71732, col:3)

现在，错误请求在节点之后添加一个额外的 ] (又名使图形忽略边)，如果您这样做，图形就可以工作。然而，它不再有任何边缘。

为了充分测试这一点，我在不更改代码的情况下执行了“Cytoscape -> Into networkx -> Output”，只需:

DG = nx.read_gml("KeggComplete.gml", relabel = True)
nx.write_gml(DG, "KeggCompleteEng.gml")
exit()

然后读入:

BasicGraph = nx.read_gml("KeggCompleteEng.gml", relabel = True)

并且该错误仍然可以重现。所以我认为这与 networkx 编写 gml 文件的方式有关。

我使用的两个文件是:

• Original from Cytoscape
• Networkx output

如果有人能够深入了解为什么会发生这种情况，我们将不胜感激!

Answer 1

这是 NetworkX 生成嵌套属性(本例中为边缘图形数据)时的一个错误。一组额外的引号被错误地添加到“Line”属性中。

该修复已合并为此拉取请求的一部分: https://github.com/networkx/networkx/pull/981