python - 在 python 中使用 scipy.spatial.distance.cdist(X, Y) 查找一组点之间的距离

Question

我有一个数据数组，称为 A，看起来像:

array([[0.59, 1.23], [0.89, 1.67], [0.21,0.99]...])

其中大约有 400 组 [x,y] 点。我想找到 A 中的每组点到 B 中的每组点之间的距离，这是另一个数组，看起来与 A 完全相同，但长度是 A 的一半(所以大约 200 组 [x,y] 点) 。因此，如果我想找到 B 中第 q 对 [x,y] 值与 A 中所有 [x,y] 值之间的距离，我尝试按照以下方式做一些事情

import scipy.spatial.distance
for q in range(0,len(B)):
    y=scipy.spatial.distance.cdist(A,B[:q,:])

但我认为这不起作用。我只想要一个输出，显示 B 的第 q 行与 A 中的所有点之间的距离。

Answer 1

两种解决方案:

直接计算完整矩阵，并访问 A 和 B[q] 之间的值的第 q 列。

d = scipy.spatial.distance.cdist(A,B)

for q in range(len(B)):
    y = d[:,q]
    print y

如果生成的矩阵太大而无法保存在内存中。你可以这样做。

for q in range(len(B)):
    y = scipy.spatial.distance.cdist(A,[B[q]])
    print y