python - 在python中使用Sed通过subprocess.call进行文件替换

Question

我想将一个文件中的一列替换为另一个文件中的一列。我正在尝试使用 sed 在 python 中执行此操作，但我不确定我是否正确执行。也许代码会让事情变得更清楚:

 20 for line in infile1.readlines()[1:]:
 21         element = re.split("\t", line)
 22         IID.append(element[1])
 23         FID.append(element[0])
 24 
 25 os.chdir(binary_dir)
 26 
 27 for files in os.walk(binary_dir):
 28         for file in files:
 29                 for name in file:
 30                         if name.endswith(".fam"):
 31                                 infile2 = open(name, 'r+')
 32 
 33 for line in infile2.readlines():
 34         parts = re.split(" ", line)
 35         Part1.append(parts[0])
 36         Part2.append(parts[1])
 37 
 38 for i in range(len(Part2)):
 39         if Part2[i] in IID:
 40                 regex = '"s/\.*' + Part2[i] + '/' + Part1[i] + ' ' + Part2[i] + '/"' + ' ' + phenotype 
 41                 print regex
 42                 subprocess.call(["sed", "-i.orig", regex], shell=True)

这就是打印正则表达式的作用。系统似乎在 sed 进程期间挂起，因为它在那里停留了相当长的时间而不执行任何操作。

"s/\.*131006/201335658-01 131006/" /Users/user1/Desktop/phenotypes2

感谢您的帮助，如果您需要进一步说明，请告诉我!

Answer 1

如果您有 Python 和 re 模块，则不需要 sed。下面是如何使用 re 替换字符串中给定模式的示例。

>>> import re
>>> line = "abc def ghi"
>>> new_line = re.sub("abc", "123", line)
>>> new_line
'123 def ghi'
>>> 

当然，这只是在 Python 中实现此目的的一种方法。我觉得 str.replace() 对你来说也能完成这项工作。