python - 如何根据biopython中的位置列表过滤对齐列？

Question

基于biopython帮助页面here ，我可以根据第一个或最后 10 个过滤对齐列，我什至可以使用

将子对齐拼凑在一起

align[:, :10] + align[:, -10:]

align 是一个 MSA 对象，使用生成

from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")

但是，是否可以根据位置列表提取列。例如，如果我有以下列表:

a=[12, 52, 68,45]

有没有办法从对齐align中提取这些列。

名为 bio3d 的 R 包可以通过提供列表作为输入来方便地过滤对齐(通过执行:filtered_align =align[, a])，但如果我能从 python 中使用它那就太好了。

谢谢

Answer 1

根据Biopython docs ，你可以得到列 x

align[:, x]

因此以下内容应该适合您:

from Bio import AlignIO

align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")
indices = [12, 52, 68, 45]
columns_as_strings = []

for column in indices:
    columns_as_strings.append(align[:, column])