python - 在 networkX 中处理大型 graphml 文件

Question

我有一些相当大的 .graphml 文件(~7GB)，我想使用 NetworkX 对这些文件运行一些算法。每当我尝试使用以下内容读取这些 graphml 文件时:

print "Reading in the Data...\n"
G = nx.read_graphml('%s' % path_string)
plt.title('%s Network' % name_string)
nx.draw(G)
plt.show()

我得到以下输出:

/usr/bin/python2.7 /home/user/PycharmProjects/G_Project/Graph.py
Reading in the Data...


Process finished with exit code 139

我假设发生这种情况是因为我的计算机在尝试打开文件时内存不足，但我想知道是否有一种方法可以处理大型 .graphml 文件并仍然使用 NetworkX？

我已经非常习惯 NetworkX 并发现它很有用，所以如果有某种针对大型 graphml 文件的解决方法，我将不胜感激。

Answer 1

我意识到这不是 networkX 的答案，但我建议考虑 graph-tool 。它也支持 graphml 格式。

您可以在their website上查看graph-tool和networkx的比较.

注意:我没有资格发表评论。因此，发布作为答案。