python - 用 Python 编写文件

Question

有一种名为 .xyz 的文件格式有助于可视化分子键。基本上，格式要求特定的模式:

第一行必须有原子数，在我的例子中是 30。之后应该有数据，其中第一行是原子的名称，在我的例子中它们都是碳。第二行是x信息，第三行是y信息，最后一行是z信息，在我的例子中都是0。所以像这样:

30C x1 y1 z1C x2 y2 z2.........

我用 C++ 将数据生成为如下文本文件:

C       2.99996     7.31001e-05     0
C       2.93478     0.623697        0
C       2.74092     1.22011     0
C       2.42702     1.76343     0
C       2.0079      2.22961     0
C       1.50006     2.59812     0
C       0.927076        2.8532      0
C       0.313848        2.98349     0
C       -0.313623       2.9837      0
C       -0.927229       2.85319     0
C       -1.5003     2.5981      0
C       -2.00732        2.22951     0
C       -2.42686        1.76331     0
C       -2.74119        1.22029     0
C       -2.93437        0.623802        0
C       -2.99992        -5.5509e-05     0
C       -2.93416        -0.623574       0
C       -2.7409     -1.22022        0
C       -2.42726        -1.7634     0
C       -2.00723        -2.22941        0
C       -1.49985        -2.59809        0
C       -0.92683        -2.85314        0
C       -0.313899       -2.98358        0
C       0.31363     -2.98356        0
C       0.927096        -2.85308        0
C       1.50005     -2.59792        0
C       2.00734     -2.22953        0
C       2.4273      -1.76339        0
C       2.74031     -1.22035        0
C       2.93441     -0.623647       0

所以，现在我想做的是将此文件写入 .xyz 文件。我在网上看到有人用Python来做，而我几乎没有经验。所以我检查了一下并想出了这个脚本:

#!/usr/bin/env/python
text_file = open("output.txt","r")
lines = text_file.readlines()
myfile = open("output.xyz","w")
for line in lines:
     atom, x, y, z = line.split()
     myfile.write("%s\t %d\t %d\t %d\t" %(atom,x,y,z))
myfile.close()
text_file.close()

但是，当我运行此命令时，它会出现以下错误:“%d 格式:需要数字，而不是字符串。”

这对我来说没有意义，因为正如您在txt文件中看到的那样，除了第一行之外，它们都是数字。我尝试将 d 更改为 s，但随后我将加载此数据的程序出现错误。

总结一下:我有一个 .txt 数据文件，我想将其更改为已指定的 .xyz，但我遇到了问题。

提前致谢。

Answer 1

字符串也可以表示数字。在编程语言中，这称为类型。 '1' 和 1 具有不同的类型。使用 %s 代替字符串。

myfile.write("%s\t %s\t %s\t %s\t" % (atom, x, y, z))

如果你希望它们是 float ，你应该在解析阶段这样做:

x, y, z = map(float, (x, y, z))

顺便说一句，% 在 python 中被认为是过时的。请改用格式:

myfile.write("{}\t {}\t {}\t {}\t".format(atom,x,y,z))