python - 将 XML 文件转换为 CSV

Question

我有一个 XML 文件，如下所示:

<Organism>
 <Name>Bacillus halodurans C-125</Name>
  <Enzyme>M.BhaII</Enzyme>
   <Motif>GGCC</Motif>
  <Enzyme>M1.BhaI</Enzyme>
   <Motif>GCATC</Motif>
  <Enzyme>M2.BhaI</Enzyme>
   <Motif>GCATC</Motif>
</Organism>
<Organism>
 <Name>Bacteroides eggerthii 1_2_48FAA</Name>
</Organism>

我正在尝试将其写入 CSV 文件，如下所示:

Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GCATC
Bacillus halodurans, GCATC
Bacteriodes, 

我解决这个问题的方法是创建一个元组列表，其中包含有机体名称和主题。我使用 ElementTree 模块尝试了此操作:

import xml.etree.ElementTree as ET

tree = ET.parse('file.xml')
rebase = tree.getroot()

list = []

for organisms in rebase.findall('Organism'):
        name = organisms.find('Name').text
        for each_organism in organisms.findall('Motif'):
            try:
                motif = organisms.find('Motif').text
                print name, motif
            except AttributeError:
                print name

但是我得到的输出如下所示:

Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GGCC
Bacillus halodurans, GGCC

仅记录第一个主题。这是我第一次使用 ElementTree，所以有点令人困惑。任何帮助将不胜感激。

我不需要写入 CSV 文件方面的帮助。

Answer 1

您唯一需要修复的是替换:

motif = organisms.find('Motif').text

与:

motif = each_organism.text

您已经在 Organism 内迭代 Motif 节点。 each_organism 循环变量保存 Motif 标记的值。

<小时/>

我还会更改变量名称以避免混淆。另外，我认为在 Motif 标记的循环内不需要 try/except 。如果可能缺少 name 标签，您可以按照“请求宽恕，而不是许可”方法并捕获错误:

for organism in rebase.findall('Organism'):
    try:
        name = organism.find('Name').text
    except AttributeError:
        continue

    for motif in organism.findall('Motif'):
        motif = motif.text
        print name, motif