python - Numpy 的 asarray() 不适用于 csr_matrix

Question

我真是个大麻烦。 6 个月前，我用 Python 编写了使用 Numpy 和 Networkx 的代码:

import numpy as np
import networkx as nx

G = nx.Graph()

#add node and edges to G ...

A = nx.adj_matrix(Gx)
A = np.asarray(A)

现在我需要在具有最新版本 Numpy 的计算集群上运行它。但是当我运行此代码时它失败了，因为 A = np.asarray(A) 返回 ()

我不知道该怎么办，因为这个代码无处不在。这是 Numpy 中的错误还是什么？

这个问题与我的earlier question有关

Answer 1

函数nx.adj_matrix(G)返回一个包含G邻接矩阵的scipy.sparse矩阵对象。

如果您想要一个 numpy 矩阵或数组，您只需使用 .todense() 方法即可实现:

In [1]: import networkx as nx

In [2]: G = nx.path_graph(4)

In [3]: S = nx.adj_matrix(G)

In [4]: S
Out[4]: 
<4x4 sparse matrix of type '<type 'numpy.int64'>'
    with 6 stored elements in Compressed Sparse Row format>

In [5]: A = S.todense()

In [6]: A
Out[6]: 
matrix([[0, 1, 0, 0],
        [1, 0, 1, 0],
        [0, 1, 0, 1],
        [0, 0, 1, 0]])

In [7]: A.A
Out[7]: 
array([[0, 1, 0, 0],
       [1, 0, 1, 0],
       [0, 1, 0, 1],
       [0, 0, 1, 0]])