python - python中热图的层次聚类

Question

我有一个 NxM 矩阵，其值范围为 0 到 20。我可以使用 Matplotlib 和 pcolor 轻松获得热图。现在我想使用 scipy 应用层次聚类和树状图。我想重新排序每个维度(行和列)，以显示哪些元素相似(根据聚类结果)。如果矩阵是方阵 (NxN)，则代码将类似于:

clustering = linkage(matrix, method="average")
dendrogram(clustering, orientation='right')

维度不同时如何获取联动矩阵？我是否必须手动计算每对元素之间的距离？

Answer 1

我不知道如何使用matplotlib和pcolor来做到这一点。但是，seaborn 对您想要完成的任务具有 native 支持。

http://seaborn.pydata.org/generated/seaborn.clustermap.html

示例:

import seaborn as sns; sns.set()
flights = sns.load_dataset("flights")
flights = flights.pivot("month", "year", "passengers")
g = sns.clustermap(flights)