yaml - 使用 YAML header 在 Markdown 中使用自定义引用样式

Question

我试图在 Markdown 文件中使用自定义引用样式，但每次编织时引用都使用默认(芝加哥)样式。我曾尝试将输出格式从 JS 显示演示文稿更改为 HTML 文档到 PDF 文档，但它仍然不起作用。我使用 knitcitations 包使用文档的 DOI 进行引用，并使用 bibliography() 函数编写引用书目。我也尝试使用 Zotero 上的 apa.csl 样式，但引用仍然以默认样式完成。 apa.csl 文件与我尝试使用引文的文件存储在同一文件夹中，newbiblio.bib 文件也是如此，我在其中存储了我想引用的项目的书目信息。

下面是我的 Markdown 代码:

---
title: "htmlcitetest"
citation_package: natbib
csl: "apa.csl"
output:
  pdf_document:
    pandoc_args: ["--natbib"]
biblio-style: unsrt
bibliography: newbiblio.bib
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(bibtex)
library(knitcitations)
options("citation_format" = "pandoc")
library(RefManageR)
cleanbib()
```

## R Markdown

- This is a citation [^1]

[^1]: `r citet("10.1098/rspb.2013.1372")`


```{r, message=FALSE}
bibliography()
```

此链接 ( http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html )
说我应该能够像这样格式化我的 YAML header :

---
title: "Sample Document"
output: html_document
bibliography: newbiblio.bib
csl: apa.csl
---

但是，当我这样做时，文件会组合成一个 Markdown (.md) 文件，但不会处理到输出中。我收到此错误:

pandoc-citeproc: 23:3-23:10: Expected end element for: Name {nameLocalName = "category", nameNamespace = Just "http://purl.org/net/xbiblio/csl", namePrefix = Nothing}, but received: EventEndElement (Name {nameLocalName = "info", nameNamespace = Just "http://purl.org/net/xbiblio/csl", namePrefix = Nothing})
pandoc: Error running filter        /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc-citeproc
Filter returned error status 1
Error: pandoc document conversion failed with error 83
Execution halted

我的 .bib 文件的内容是:

@Article{Boettiger_2013,
  doi = {10.1098/rspb.2013.1372},
  url = {http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2013.1372},
  year = {2013},
  month = {jul},
  publisher = {The Royal Society},
  volume = {280},
  number = {1766},
  pages = {20131372--20131372},
  author = {C. Boettiger and A. Hastings},
  title = {No early warning signals for stochastic transitions: insights from large deviation theory},
  journal = {Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences},
}

我也不明白为什么 YAML header 中的 biblio-style 选项不做任何事情。从本质上讲，我所需要的只是一种使用我已经用 Markdown 文档制作的自定义引用样式的方法。任何帮助将不胜感激!

Answer 1

如果没有可重现的示例，就很难确切知道发生了什么，但看起来您正在混合两种不同的配置。

方法 1:指定自定义 CSL 文件

使用 CSL 文件的方法仅在您使用 pandoc-citeproc 时才有效。例如，我已经下载了 IEEE样式，并将其保存在与我的 RMarkdown 文件相同的目录中 ieee.csl .此 MWE建立一个单独的书目文件:

---
output: pdf_document
bibliography: test.bib
csl: ieee.csl
---

```{r}
knitr::write_bib(x = c("knitr", "rmarkdown") , file = "test.bib")
```

Some ref [@R-knitr]

Some again [@R-knitr]

Another ref [@R-rmarkdown]

# References

方法二:在 Natbib 中指定样式

如果你想使用 natbib 来构建引文和引用书目，你必须使用 biblio-style选项。以下示例无需下载任何内容即可工作:

---
output: 
  pdf_document:
    citation_package: natbib
bibliography: test.bib
biblio-style: humannat
---

```{r}
knitr::write_bib(x = c("knitr", "rmarkdown") , file = "test.bib")
```

Some ref [@R-knitr]

Another ref [@R-rmarkdown]

# References

Unless you have a particular reason, I would probably go down the route of using pandoc-citeproc and a csl file. It integrates well with the RMarkdown world. Using Natbib just gets a bit more confusing, and from my experience is more prone to throwing errors.