java - JAVA从文件中提取特定数据

Question

>1A3B:H|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISM
LEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVL
QVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFY
THVFRLKKWIQKVIDQFGE
>1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
GGQSHNDGDFEEIPEEYL
>1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
TFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGR

这是存储在文本文件中的数据。我如何严格提取

之间的数据

  ">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE" and ">1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE", 

仅当

">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE" 

是我们已知的。

此外，在这个给定的示例中，虽然要检索的数据只有一行，但它也可以变化到多行。到目前为止，我尝试将文件的全部内容写入字符串变量并使用子字符串，但该逻辑似乎存在缺陷，因为结束索引未知。请帮忙

import java.io.*; public class ReadingChainSpecificFastaSequence {

    public static void main(String[] args) {


            File file = new File("1A3B.fasta.txt");
            BufferedInputStream bin = null;

            try
            {

                    FileInputStream fin = new FileInputStream(file);


                    bin = new BufferedInputStream(fin);


                    byte[] contents = new byte[1024];

                    int bytesRead=0;
                    String strFileContents=null;

                    while( (bytesRead = bin.read(contents)) != -1){

                            strFileContents = new String(contents, 0, bytesRead);

                    }
                   // System.out.print(strFileContents); 
                    String search = ">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE";
                    int start = (strFileContents.indexOf(search))+30;
                    String search2= ">1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE";
                    int end= (strFileContents.indexOf(search2));
                   String result = strFileContents.substring(start,end);

            }
            catch(FileNotFoundException e)
            {
                    System.out.println("File not found" + e);
            }
            catch(IOException ioe)
            {
                    System.out.println("Exception while reading the file "+ ioe);
            }
            finally
            {

                    try{
                            if(bin != null)
                                    bin.close();
                    }catch(IOException ioe)
                    {
                            System.out.println("Error while closing thestream:"+ioe);
                    }

            }
    }
    }

Answer 1

您似乎想读取每一行输入并且:

1. 如果行中存在\，则在此字符上拆分它
2. 查看分割字符串的第一个元素，并在 : 处将其断开以查找当前标记，将第一部分 (1A3B) 保存到变量中，并将第二部分到另一个变量
3. 从此“开始”标记，确定您要查找的下一个标记是什么:获取第一部分并将第二部分后面的字母添加到其中(形成 1A3B:L) .
4. 继续读取输入的每个新行，将这些行存储在某种列表或数组中，直到一行以结束标记 (1A3B:L) 开头。