r - 在 R 中的大图中总结邻居属性的快速方法

Question

我有一个大 igraph 对象，几乎有 100 万个节点和 150 万条边。经过一段时间的研究，我找不到对节点的邻居属性求和的程序，在这种情况下，它是一个二进制属性。目前，我找到的最佳解决方案如下:

V(g)$sum = sapply( ego(g,1,V(g),mode = 'all',mindist = 1), function(v) sum(V(G)[v]$attr) )

然而，12小时后它仍然嘎吱作响。

有什么建议？

更新 1:让我们考虑下图

library(igraph)
G <- graph.formula(1-+2,1-+3,2-+4,2-+5,3-+6,5-+7,7-+8,8-+9,9+-7, 9-+10,
               6-+9,1-+5,3-+9,10-+11,11-+12,11-+5,12-+4,4-+10,10-+4,11-+10)
V(G)$attr = c(1,1,0,0,1,0,1,0,1,0,1,0)
plot(G, vertex.label.color = "white",  edge.width=E(G)$weight, layout = layout.circle(G))

而想要的结果应该是这样的......

 sapply( ego(G,1,V(G),mode = 'all',mindist = 1), function(v) sum(V(G)[v]$attr) )
 [1] 2 2 2 1 4 1 2 2 1 2 1 1

@Tamás，我试图在不使用循环的情况下访问邻居函数，但是我得到了这个结果，而不是上面描述的结果......

sapply(neighbors(G,V(G)),function (v) sum(V(G)[v]$attr))
2 3 5 
1 0 1 

Answer 1

我也在使用大型网络，但在时间上遇到了一些问题 igraph做“简单”的事情，比如计算 betweenness和 closeness .但是，就您而言，我认为您可以在网络框架之外解决此问题。

1st，将您的网络转换为 data.frame并使用图书馆 data.table ，这对于使用大型数据集计算属性总和来说非常快。

library(igraph)
library(magrittr)
library(data.table)

# simple network
  g<- graph.formula(1-+2,1-+3,2-+4,2-+5,3-+6,5-+7,7-+8,8-+9,9+-7, 9-+10,
                     6-+9,1-+5,3-+9,10-+11,11-+12,11-+5,12-+4,4-+10,10-+4,11-+10)

  V(g)$attr = c(1,1,0,0,1,0,1,0,1,0,1,0)


# convert the network to data.table
  dt <- as_long_data_frame(g) %>% setDT()

# Calculate the sum of neighbors' attributes by origin (from). This is really fast in data.table
  mysum <- dt[, .(attr_sum = sum(to_attr)), by= from]

# get the sum result back in the data doing a simple merge
  dt <- dt[mysum, on=.(from)] 

# get the sum into the network object
  E(g)$attr_sum <- dt$attr_sum