python - 生成循环谱

Question

我正在尝试从我的肽中生成所有循环组合的谱。

这是我的线性谱代码:

#For example: LEQN
#L:113 E:129 Q:128 N:114
    peptide = [113,129,128,114]
        for a in peptide:
            for i in peptide[b:]:
                s+= i
                spectrum.append(s)
            s=0
            b += 1

spectrum.sort()
print spectrum

输出:[113、114、128、129、242、242、257、370、371、484]

我的代码成功添加了这些和 L(113)、E(129)、Q(128)、N(114)、LE(113+129)、LEQ(113+129+128)、LEQN(113+129) +128+114)、EQ(129+128)、EQN(129+128+114)、QN(128+114)

但是缺少 QNL(128+113+114)、NL(114+113)、NLE(114+113+129)

例如。 QNL 应为 128+114+113，即元素 2、3 和 1 的总和。NL 为 114+133，为元素 3 和 0 之和。NLE 为 113+114+129，为元素 3, 0, 1 之和。

*我不需要添加 EQNL 或 QNLE，因为它们与 LEQN 完全相同。

*但是 LE=242 和 QN=242 具有相同的质量，但不是同一件事。

预期输出: 113、114、128、129、227(N+L)、242、242、257、355(Q+N+L)、356(N+L+E) ), 370, 371, 484

Answer 1

如果我正确理解你的问题，你需要所有可能的子列表，每个长度达到peptide列表的长度，并且对于该列表中的每个起始位置，环绕在列表。一种方法是使用 cycle和 islice来自itertools。

from itertools import cycle, islice

peptide = [113, 129, 128, 114]
spectrum = []
for num in range(1, len(peptide)):
    for start in range(len(peptide)):
        group = islice(cycle(peptide), start, start + num)
        spectrum.append(sum(group))
spectrum.append(sum(peptide)) # add the entire list only once

这样，sorted(spectrum) 最终为 [113, 114, 128, 129, 227, 242, 242, 257, 355, 356, 370, 371, 484] ，这似乎就是你想要的。

不过，不确定这如何扩展到更长的肽列表(我假设实际上这些列表具有四个以上的元素)。