r - R中系统发育提示标签中的斜体和常规文本

Question

下面的代码将绘制一个系统发育树，尖端标签为斜体，下划线替换为空格。

library(ape)
tr <- rtree(5, tip.label=c("a_b_x1", "b_c_2", "c_d_3y", "d_e_4", "e_f_5"))
plot(tr)

如何在系统发育的提示标签中将常规文本与斜体文本结合起来？我对显示为常规文本的最后一个下划线之后的斜体字母和字母数字段感兴趣。

我尝试使用 expression与 tiplabels ，但由于对索引的解释，它不起作用。同时格式化 sub选择 expression 中的两个部分失败的。

tip <- unlist(strsplit("a_b_x1", "_"))
tiplabels(expression(italic(paste(tip[1:length(tip)-1], collapse = " ")) * tip[length(tip)]), 
    tip = which(tr$tip.label == "a_b_x1"), frame = "n", bg = "white")

Answer 1

我们可以用 bquote 构造表达式:

library(ape)
set.seed(1)
tr <- rtree(5, tip.label=c("a_b_x1", "b_c_2", "c_d_3y", "d_e_4", "e_f_5"))
plot(tr, show.tip.label = F)

for(i in seq_along(tr$tip.label)){
    tip <- unlist(strsplit(tr$tip.label[i], "_"))

    tiplabels(
        bquote(italic(.(paste(tip[-length(tip)], collapse = ' '))) ~ .(tip[length(tip)])),
        tip = i, adj = c(0, 0.5), frame = "n", bg = "white"
    )

}