python - skimage.io.imread 返回 TIFF 导入的错误尺寸

Question

使用 skimage.io.imread 导入 TIFF 图像会返回形状为 (3,M,N) 而不是 (M,N,3) 的数组。

In [1]: im = skimage.io.imread('image.tif')

In [2]: im.shape
Out[2]: (3, 768, 1024)

In [3]: im = skimage.io.imread('image.tif', as_grey = True)

In [4]: im.shape
Out[4]: (3, 768)

In [5]: im = skimage.io.imread('image.tif', flatten = True)

In [6]: im.shape
Out[6]: (3, 768)

Answer 1

我认为将其称为 imread 扁平化功能中的错误是公平的，因此在那里提出问题可能是合适的。

我认为不清楚哪个顺序是“正确的”。性能上是有差别的。如果您循环遍历颜色 channel ，(3, M, N) 会更快。如果循环遍历行或列，(M, N, 3) 会更快。但很明显，flatten 和 as_grey 无法正确检测尺寸。

这里的解决方法显然很简单，但您也可以查看 tifffile，它可以通过 pip 或从 soft-matter conda channel 安装，例如 conda install -c soft-matter tifffile。