r - 为什么 ggplotly 在 rmarkdown 中不能像 ggplot 一样工作

Question

我想使用 ggplotly因为它的副作用相同ggplot甚至graphics做。我的意思是当我 knitr::knit或 rmarkdown::render我期望的 Rmd 文档 print(obj)在哪里 obj是 ggplotly对象在报告中，但事实并非如此。

谁能解释发生了什么？

谁能告诉我如何实现我想做的事情。我希望能够在不返回对象的情况下将 ggplotly 图绘制到函数中(我想返回图的基础数据)，并且我希望代码同时适用于 ggplot 和 ggplotly(即使用相同的代码ggplot 或 ggplotly)

问题.R 文件

#+ libs, echo = FALSE                                                                                                                                                                                                                                        
suppressMessages({                                                                                                                                                                                                                             
    library(ggplot2)                                                                                                                                                                                                                           
    library(plotly)                                                                                                                                                                                                                            
    library(rmarkdown)                                                                                                                                                                                                                         
})                                                                                                                                                                                                                                             

#+ functions decl, echo = FALSE
df <- data.frame(x = 1:5, y = 1:5)                                                                                                                                                                                                                             
f_0 <- function(df) {                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
    p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_line()
    # p or plot(p) or print(p) works                                                                                                                                                                                                   
    print(p)                                                                                                                                                                                                                                   
    return(df)                                                                                                                                                                                                                                 
}                                                                                                                                                                                                                                              
f_1 <- function(df) {                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
    p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_line()                                                                                                                                                                                                   
    p <- ggplotly(p)    
    # plot(p) crashes                                                                                                                                                                                                                       
    # print p does not print in report                                                                                                                                                                                                         
    print(p)                                                                                                                                                                                                                                   
    # p standalone does not work either                                                                                                                                                                                                        
    p                                                                                                                                                                                                                                          
    return(df)                                                                                                                                                                                                                                 
}                                                                                                                                                                                                                                              

#' # plots                                                                                                                                                                                                                                     
#' plot 0                                                                                                                                                                                                                                      
#+ plot_0                                                                                                                                                                                                                                      
res_0 <- f_0(df)                                                                                                                                                                                                                                 
#' plot 1                                                                                                                                                                                                                                      
#+ plot_1                                                                                                                                                                                                                                      
res_1 <- f_1(df)     

渲染此文件

rmarkdown::render("question.R")

输出

Answer 1

编辑评论:作为一种风格，将计算和绘图分离为不同的函数通常是一个好主意，因为它增加了模块化，使代码更易于维护，并允许在没有参数蠕变的情况下进行更精细的控制。然后可以轻松地将各个函数的输出映射到单独的 knitr block 。

最佳解决方案:我知道您特别询问不返回绘图对象，但我只想指出，将它与结果一起返回提供了最干净、最优雅的解决方案:

---
output: html_document
---

```{r include=FALSE}
library( tidyverse )
df <- data_frame( x=1:5, y=1:5 )
```

```{r}
f <- function(df) {
  gg <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
  list( result=df, plot=plotly::ggplotly(gg) )
}
res <- f(df)
res$plot
```

但是，如果您绝对不能从函数返回一个 plotly 对象，您有一些选择。

选项 1:将 plotly 对象存储到父框架，提供从 knitr block 对其的访问。

```{r}
f1 <- function(df) {
  gg <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
  assign("ggp", plotly::ggplotly(gg), envir=parent.frame())
  df    # NOT returning a plot
}
res1 <- f1(df)
ggp   # Let knitr handle the rendering naturally
```

选项 2:将绘图渲染为临时 .html，然后将其作为 iframe 导入

```{r, results='asis'}     # <-- note the "asis" chunk option
f2 <- function(df)
{
  gg <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point()
  htmlwidgets::saveWidget( plotly::ggplotly(gg), "temp.html")
  print( htmltools::tags$iframe(src="temp.html", width=640, height=480) )
  df    # NOT returning a plot
}
res2 <- f2(df)
```

解释: Yihui 有错误可以指正，但是knitr 基本上是在幕后做“选项2”的。它将诸如 plotly 对象之类的 htmlwidgets 渲染到临时 .html 文件中，然后将这些临时文件组合起来以生成最终文档。它在函数内失败的原因是当执行离开函数范围时临时文件被删除。 (您可以使用 tempfile() 而不是永久的 "temp.html" 自己复制它； iframe 对象将在最终文档中显示“找不到文件”错误。)可能有一种方法可以修改 knitr 钩子(Hook)以保留临时文件，但这超出了我的知识范围。最后，基本的 ggplot 没有这个问题的原因对象是因为它们的输出进入绘图设备，该设备在调用帧中持续存在。