python-2.7 - 史密斯沃特曼算法选择多个对齐

Question

我想对齐一个小序列 S1到另一个更大的核苷酸序列 S2例如:

S1: acgtgt
S2: ttcgtgacagt...

在这个例子中 s1 在 s2 中的 2 个地方命中: cgtg和 acgt与 s2 中的差距 2。我想使用 smith waterman 算法，但我的问题是:如果 2 个对齐有 2 个不同的分数，即一个 4 和另一个 3 如何从动态 programimg 矩阵中获取 2 个对齐？是否有任何工具或库可以做到这一点？我尝试了 biopython 中的 paorwise2，它只给出了在 tje 矩阵中得分高的比对

Answer 1

成对对齐算法(例如 Smith-Waterman)只会提供一种最佳对齐方式。更糟糕的对齐将具有不同的回溯遍历，史密斯-沃特曼使用的动态规划算法不会遵循该算法。

如果有多个具有相同最佳分数的对齐方式，S-W 将仅选择这些对齐方式中的一种(哪个是特定于实现的，因为它们具有相同的分数并不重要)。

如果您真的希望返回多个比对并使用类似 Smith-Waterman 的方法，则每次以不同方式配置间隙惩罚时，您都必须多次重新比对序列。我不推荐这个，因为它会非常昂贵。

你可能想尝试像 BLAST 这样的东西，而不是使用 Smith-Waterman，它会给你多次点击