python - 合并文件夹中的每个数据框

Question

我在多个文件夹中有 .csv 文件，如下所示:

文件1

Count    2002_Crop_1   2002_Crop_2   Ecoregion
 20      Corn          Soy           46
 15      Barley        Oats          46

文件2

Count   2003_Crop_1    2003_Crop_2  Ecoregion
24      Corn           Soy          46
18      Barley         Oats         46

对于每个文件夹，我想合并其中的所有文件。

我想要的输出是这样的:

Crop_1  Crop_2 2002_Count  2003_Count  Ecoregion
Corn    Soy    20          24          46
Barley  Oats   15          18          46  

实际上，每个文件夹中有 10 个文件，而不仅仅是 2 个，需要合并。

我现在正在使用此代码:

import pandas as pd, os
#pathway to all the folders
folders=r'G:\Stefano\CDL_Trajectory\combined_eco_folders'
for folder in os.listdir(folders):
    for f in os.listdir(os.path.join(folders,folder)):   
            dfs=pd.read_csv(os.path.join(folders,folder,f))   #turn each file from each folder into a dataframe
            df = reduce(lambda left,right: pd.merge(left,right,on=[dfs[dfs.columns[1]], dfs[dfs.columns[2]]],how='outer'),dfs) #merge all the dataframes based on column location

但这会返回:
类型错误:字符串索引必须是整数，而不是系列

Answer 1

• 使用glob.glob来traverse a directory at a fixed depth .

• 如果可以的话，尽量避免重复调用 pd.merge。每次调用 pd.merge 都会创建一个新的 DataFrame。因此，每个中间结果中的所有数据都必须复制到新的 DataFrame 中。循环执行此操作会导致 quadratic copying ，这对性能不利。

• 例如，如果您进行一些列名争论来更改，

  ['Count', '2002_Crop_1', '2002_Crop_2', 'Ecoregion']
  

  到

  ['2002_Count', 'Crop_1', 'Crop_2', 'Ecoregion']
  

  然后您可以使用['Crop_1', 'Crop_2', 'Ecoregion']作为每个DataFrame的索引，并通过一次调用将所有DataFrame组合起来 pd.concat.

<小时/>

import pandas as pd
import glob

folders=r'G:\Stefano\CDL_Trajectory\combined_eco_folders'
dfs = []

for filename in glob.glob(os.path.join(folders, *['*']*2)):
    df = pd.read_csv(filename, sep='\s+')
    columns = [col.split('_', 1) for col in df.columns]

    prefix = next(col[0] for col in columns if len(col) > 1)
    columns = [col[1] if len(col) > 1 else col[0] for col in columns]
    df.columns = columns

    df = df.set_index([col for col in df.columns if col != 'Count'])
    df = df.rename(columns={'Count':'{}_Count'.format(prefix)})

    dfs.append(df)

result = pd.concat(dfs, axis=1)
result = result.sortlevel(axis=1)
result = result.reset_index()
print(result)

产量

   Crop_1 Crop_2  Ecoregion  2002_Count  2003_Count
0    Corn    Soy         46          20          24
1  Barley   Oats         46          15          18