python - 在 python 3.5 中写入 gzipped fasta 文件

Question

我刚刚将工具中的所有模块从 python 2 迁移到 python 3。我遇到了一个无法解决的问题 - 我不知道如何写入 gzipped fasta 文件。

with gzip.open("sample.fasta.gz", "w") as file:
    print("writing...")
    for oid, seq in temp_data.items():
        # prepare row
        row = SeqRecord(Seq(seq), id=str(oid), description=temp_tax[oid])
        SeqIO.write(row, file, "fasta")

此代码在 python 2 中工作，但在 python 3 中不起作用，它会引发:

TypeError: memoryview: a bytes-like object is required, not 'str'

我应该如何解决这个问题？

Answer 1

gzip.open function与常规 open 函数不同，默认为二进制模式，而不是文本模式。您必须显式传递 t 作为模式字符串的一部分才能在文本模式下打开(接受/期望 str):

with gzip.open("sample.fasta.gz", "wt") as file:

为了避免行结束转换，您可能还需要pass newline='' (空字符串)，这样，在像 Windows 这样的系统上，它在写入时不会将 \n 转换为 \r\n。