parallel-processing - 在 FORTRAN/MPI/HDF5 ( 1.10.1 ) 中使用 h5fopen_f 打开文件时出错

Question

我正在使用使用 HDF5 (1. 10 .1) 的 Fortran 代码。在某些时候，会调用使用 h5fopen_f 打开文件。 :

H5FileName = "+hdf5/Temperature_00000_00001.h5"
CALL h5fopen_f(H5FileName, H5F_ACC_RDWR_F, file, hdferr)
Scalardataset = 'Temperature_00001_0000'
call h5ltget_dataset_info_f(file, Scalardataset, dimstmp, type_class, type_size, hdferr)
call h5fclose_f(file,hdferr)

这给了我一个错误:

HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.1) MPI-process 0:
  #000: H5F.c line 586 in H5Fopen(): unable to open file
    major: File accessibilty
    minor: Unable to open file
  #001: H5Fint.c line 1305 in H5F_open(): unable to lock the file
    major: File accessibilty
    minor: Unable to open file
  #002: H5FD.c line 1839 in H5FD_lock(): driver lock request failed
    major: Virtual File Layer
    minor: Can't update object
  #003: H5FDsec2.c line 940 in H5FD_sec2_lock(): unable to lock file, errno = 11, error message = 'Resource temporarily unavailable'
    major: File accessibilty
    minor: Bad file ID accessed

我已经检查过该文件是否存在，它应该在哪里，并且我有正确的权限。此外，当我只使用一个进程时，代码工作正常，当我使用多个进程时，其中一个进程能够打开文件( err=0 )，但其余进程不能( err=-1 )。最后，我在其他地方安装了相同的代码，它工作得很好(版本 1. 8 .14)。

这会是版本的问题吗？

Answer 1

我找到了两种解决方法:

使用 H5F_ACC_RDONLY_F 以只读方式打开文件而不是 H5F_ACC_RDWR_F (这对我来说很好，因为我不需要写。

使用 HDF5 1.8.14 重新编译所有内容.我猜读和写权限在 1.10.x 版中比在 1.8.x 版中更严格。

理想情况下，我希望能够使用 HDF5 的更新版本。连同 H5F_ACC_RDWR_F ，但现在它对我有用。