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r - 将 Packrat 库与 knitr 和 rstudio 编译 PDF 按钮一起使用

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-01 03:15:41 25 4
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正如 Yihui Xie 在 this post 中解释的那样,当使用 RStudio IDE 的“编译 PDF”按钮从 .Rnw 文件生成 PDF 时,knit()使用 globalenv()一个新的 R session 。有没有办法让这个新的 R session 使用 packrat我的项目库(甚至包括在我的 knitr 库中的 packrat 版本)而不是我的个人用户库,以确保最大程度的可重复性?我想新的 R session 必须链接到项目本身,但我不知道如何有效地做到这一点。

我知道我可以直接使用 knit()函数而不是编译 PDF 按钮,这样,knit()将使用我当前的 globalenv() ,但我不喜欢这个解决方案,因为它的可重复性较差。

最佳答案

我想我自己遇到了问题,但我想与可以确认我是对的并可能有助于改进我的解决方案的其他人分享。

我的具体问题是我的 .Rnw 文件位于我整个项目的子目录中。当编译 PDF 按钮创建一个新的 R session 时,它是在这个子目录中创建的,因此找不到 .Rprofile将初始化的文件 packrat .我认为最简单的解决方案是创建一个 .Rprofile我的子目录中的文件,其中包含

temp <- getwd()
setwd("..")
source("packrat/init.R")
setwd(temp)
rm(temp)

我必须在 source("packrat/init.R") 之前更改项目级别的工作目录因为文件本身是指目录...

任何人都可以看到更好的解决方案?

关于r - 将 Packrat 库与 knitr 和 rstudio 编译 PDF 按钮一起使用,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/48810801/

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