r - R包安装返回错误时让Docker镜像构建失败

Question

我正在尝试使用 Dockerfile 创建基于 Rocker 的自定义 Docker 镜像。在 Dockerfile 中，我使用以下命令从自定义 GitLab 服务器中提取我自己的 R 包:
RUN R -e "devtools::install_git('[custom gitlab server]', quiet = FALSE)"
一切正常，但我注意到当 GitLab 服务器关闭时，或者运行 Docker 的机器内存不足时，软件包无法正确安装并在 R 控制台中返回错误消息。这种行为是意料之中的。但是，Docker 不会注意到 R 产生的错误并继续评估 Dockerfile 的其余部分。我希望 Docker 在发生这种情况时无法构建镜像。通过这种方式，我最终可以防止 Kubernetes 自动部署不完整的 Docker 容器。

到目前为止，我已经想到了两个潜在的解决方案，但我正在努力执行:

R级 : 包裹 tryCatch()附近devtools::install_git来捕捉错误。但是然后呢？使用 stop ?这会导致 Docker 构建过程也停止吗？可以withCallingHandlers()使用？

Dockerfile 级别 : 使用shell命令检查错误？我找不到 R --help 的内容因为我目前没有 Linux 机器。所以我不确定是什么 R -e实际上是(执行我假设)以及哪些其他命令可以与 R 一起传递.

好像讨论过类似的问题 here和 here ，但我不明白他们是如何解决的。

因此，如何确保在没有自定义包的情况下没有 Docker 镜像最终在 Kubernetes 集群上运行？

Answer 1

一旦Dockerfile 中的命令之一，Docker 构建过程应该停止。返回非零状态。
install_git当软件包未成功安装时，似乎不会抛出错误，因此继续执行。

一个明显的方法是将安装包装在专用 R 中。脚本，如果它没有成功完成，则会抛出一个错误，这将停止构建。

所以我会建议这样的事情......

创建安装脚本 install_gitlab.R :

### file install_gitlab.R

## change repo- and package name!!

repo <- '[custom gitlab server]'

pkgname <- 'testpackage'

devtools::install_git(repo, quiet = FALSE)

stopifnot(pkgname %in% installed.packages()[,'Package'])

修改您的 Dockerfile相应地(替换 install_git 行):

...

Add install_gitlab.R /runscripts/install_gitlab.R

RUN Rscript /runscripts/install_gitlab.R

...

要记住的一件事是，这种方法假定您尝试安装的软件包是 不是 在调用命令之前安装。