Python:使用 NetworkX 和 mplleaflet 绘制图形

Question

我有一个从边创建的networkx图，例如:

user_id,edges
11011,"[[340, 269], [269, 340]]"
80973,"[[398, 279]]"
608473,"[[69, 28]]"
2139671,"[[382, 27], [27, 285]]"
3945641,"[[120, 422], [422, 217], [217, 340], [340, 340]]"
5820642,"[[458, 442]]"

示例

其中边缘是用户在集群之间的移动，由集群标签标识，例如 [[340, 269], [269, 340]]。这表示用户从集群 340 移动到集群 269，然后返回集群 340。这些簇的坐标以纬度和经度的形式存储在另一个文件中，如下所示:

cluster_label,latitude,longitude
0,39.18193382,-77.51885109
1,39.18,-77.27
2,39.17917928,-76.6688633
3,39.1782,-77.2617
4,39.1765,-77.1927

是否可以使用节点/集群的纬度/经度而不是在图形的抽象空间中将图形的边缘链接到物理空间中各自的集群？如果是这样，我该怎么做呢？我想使用诸如 mplleaflet 之类的包(如此处所示: http://htmlpreview.github.io/?https://github.com/jwass/mplleaflet/master/examples/readme_example.html )或直接在 QGIS/ArcMap 中将其绘制在 map 上。

编辑

我正在尝试将带有簇质心坐标的 csv 转换为字典，但是，我遇到了几个错误。主要是，NetwotkXError:节点 0 没有位置 和 IndexError:数组索引太多。 下面是我尝试转换为字典，然后使用 绘制图表的方法>mplleaflet。

import csv
import networkx as nx
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import time
import mplleaflet


g = nx.Graph()

# Set node positions as a dictionary
df = pd.read_csv('G:\Programming Projects\GGS 681\dmv_tweets_20170309_20170314_cluster_centroids.csv', delimiter=',')
df.set_index('cluster_label', inplace=True)
dict_pos = df.to_dict(orient='index')
#print dict_pos

for row in csv.reader(open('G:\Programming Projects\GGS 681\dmv_tweets_20170309_20170314_edges.csv', 'r')):
    if '[' in row[1]:       #
        g.add_edges_from(eval(row[1]))

# Plotting with matplotlib
#nx.draw(g, with_labels=True, alpha=0.15, arrows=True, linewidths=0.01, edge_color='r', node_size=250, node_color='k')
#plt.show()

# Plotting with mplleaflet
fig, ax = plt.subplots()

nx.draw_networkx_nodes(g,pos=dict_pos,node_size=10)
nx.draw_networkx_edges(g,pos=dict_pos,edge_color='gray', alpha=.1)
nx.draw_networkx_labels(g,dict_pos, label_pos =10.3)
mplleaflet.display(fig=ax.figure)

Answer 1

是的，这很容易实现。尝试沿着这条线做一些事情。创建一个字典，其中节点(cluster_label)是键，经度纬度保存为列表中的值。我会使用 pd.read_csv() 读取 csv，然后使用 df.to_dict() 创建字典。例如，它应该如下所示:

 dic_pos = {u'0': [-77.51885109, 39.18193382],
 u'1': [-76.6688633, 39.18],
 u'2': [-77.2617, 39.1791792],
 u'3': [-77.1927, 39.1782],
 .....

然后在 map 上绘制图表就很简单:

import mplleaflet

fig, ax = plt.subplots()

nx.draw_networkx_nodes(GG,pos=dic_pos,node_size=10,node_color='red',edge_color='k',alpha=.5, with_labels=True)
nx.draw_networkx_edges(GG,pos=dic_pos,edge_color='gray', alpha=.1)
nx.draw_networkx_labels(GG,pos=dic_pos, label_pos =10.3)

mplleaflet.display(fig=ax.figure) 

如果没有产生预期的结果，请尝试反转纬度、经度。