python - Biopython 脚本不起作用，它发送错误类型生成器

Question

在尝试使用biopython解析xml文件时，我遇到了一些我不明白的错误，有人可以帮助我理解这个错误吗？

TypeError: object of type 'generator' has no len()

    from Bio import SearchIO
    blast_qresults=SearchIO.parse('my_file.xml', 'blast-xml')
    len(blast_qresults)

    or

    blast_qresults.hit

AttributeError: 'generator' object has no attribute 'hit

Answer 1

我相信这就是您想要的语法:

from Bio import SearchIO

blast_qresults = SearchIO.parse('my_file.xml', 'blast-xml')

for hit in blast_qresults:
    print(hit)

由于 blast_qresults 是一个生成器，因此您只能“遍历”它一次。