R vegan RDA 并非所有级别的约束都显示在三图中

Question

在我的 RDA 三联图中，我想显示“地点”、“物种”及其限制，在我的例子中是 Field 和 Trt。问题是并非所有级别的约束都显示在图中。每个因素有两个水平。

我的 RDA 代码是:

Dummy.rda <- rda(species.rda ~ Field + Trt,RDA.env, scale=TRUE)

summary(Dummy.rda, scaling=3)  #Here I see only one level of each reported in:Biplot scores for constraining variables. However all levels appear in: Centroids for factor constraints

anova.cca(Dummy.rda, step=100, by='margin') # degrees of freedom are correct for both factors (df=1)

plot(Dummy.rda, scaling = 3) #This displays all levels of Field and Trt but only one of each has an arrow

plot(Dummy.rda, display = "species", xlim = xlims, ylim = ylims, 
       scaling = 3)
text(Dummy.rda, scaling = 3, display = "bp")  # I want to customize the RDA plot, but this 'text' only displays 1 level of each of Field and Trt.

Answer 1

缺少级别是因为您试图将因子变量视为连续变量 - 我猜严格来说它们不应该显示为双标箭头。无论如何，就像在虚拟变量的回归中一样，不能包括因子的一个水平，因为它线性依赖于模型矩阵中其余水平的虚拟变量。考虑这个例子:

require("vegan")
data(dune)
data(dune.env)

mod <- rda(dune ~ Management, data = dune.env)

> model.matrix(mod)
   ManagementHF ManagementNM ManagementSF
2             0            0            0
13            0            0            1
4             0            0            1
16            0            0            1
6             1            0            0
1             0            0            1
8             1            0            0
5             1            0            0
....<truncated>

您在 model.matrix() 的输出中看到的是进入排序的变量。请注意，模型矩阵中有三个变量，但Management 因素中有四个级别:

> with(dune.env, levels(Management))
[1] "BF" "HF" "NM" "SF"

R中的约定是用一个因子的第一个水平作为引用水平。在回归中，这将包含在拦截中，但我们在 RDA 中没有这些。请注意在 model.matrix() 输出的第一行中，所有值都是 0；这表示该行在 BF 管理组中。但由于模型中只有三个变量，我们只能用三个双标箭头表示它们 - 这就是数学的工作方式。

我们可以做的是绘制组 centroids，这就是您引用的 summary() 输出中显示的内容，可以使用 提取得分():

> scores(mod, display = "cn")
                   RDA1       RDA2
ManagementBF -1.2321245  1.9945903
ManagementHF -1.1847246  0.7128810
ManagementNM  2.1149031  0.4258579
ManagementSF -0.5115703 -2.0172205
attr(,"const")
[1] 6.322924

因此，要将质心添加到现有绘图中，请执行以下操作:

text(mod, scaling = 3, display = "cn")

无论你做什么，都不能为引用组添加双标箭头。

我希望这能解释您所看到的行为？