python - 两个序列中相同对象的计数

Question

我在学习 Python 3 的过程中遇到了很大的困难，现在我正在为这个练习而苦苦挣扎。

我必须编写一个带有两个参数的函数:

1) 一个字符串，它是 DNA 序列。

2) 与参数一长度相同的字符串(也是 DNA 序列)

该函数必须返回一个 float (两个 DNA 序列中相同碱基的比例)。

所以，我知道我必须编写一个函数来返回如下所示的内容:

seq_similarity("ATGC","AGTT")

应该返回

0.75

我才走到这一步，现在我在开始之前就陷入了困境:

def sequence_similarity(seq1,seq2):
    seq1="AGTC"
    seq2="AGTT"

你能帮我开始吗？

Answer 1

您可以使用sum并给它一个条件:

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2))

这表示你的两个字符串都是 3。

然后除以长度:

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2))/len(seq1)

如果使用 2.x，请注意整数:

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2))/float(len(seq1))