r - 如何运行使用 III 类错误并查看成对比较的双向方差分析？

Question

我有一个数据集，我想用它来比较物种和栖息地对家园大小的影响 - 同时使用 III 型错误和物种和栖息地内的成对比较。
这是数据的一个子集:

species<- c("a","b","c","c","b","c","b","b","a","b","c","c","a","a","b","b","a","a","b","c")
    habitat<-  c("x","x","x","y","y","y","x","x","y","z","y","y","z","z","x","x","y","y","z","z")
    homerange<-c(6,5,7,8,9,4,3,5,6,9,3,6,6,7,8,9,5,6,7,8)
    data1<-data.frame(cbind(species, habitat, homerange))
    data1$homerange<-as.numeric(as.character(data1$homerange))    

目前我正在拆分三个物种的数据，然后为每个物种运行单独的方差分析，但我相信使用一个方差分析同时询问物种和栖息地更有意义。这是我为一个物种运行的方差分析的示例:

data.species.a<-subset(data1, species=="a")
fit<-aov(homerange ~ habitat, data=data.species.a)
summary(fit)
TukeyHSD(fit)

aov() 似乎使用 I 型错误。 . .我认为不合适；加上我相信 Tukey 的测试对于成对比较来说可能过于保守。有人可以帮助我采用一种方法，该方法允许我运行一个方差分析，该方差分析同时考虑物种和栖息地对家园的影响，带有 III 型错误，这也允许对物种和栖息地进行不太保守的成对比较吗？

Answer 1

您可以设置Anova在包 'car' 中报告类型 III 的平方和，并且有一个 HSD.test在包“agricolae”中，应该能够将该模型对象作为输入。我认为您不能在数据不平衡的情况下合法使用 aov()，所以我使用 lm() 拟合。

fit<-lm(homerange ~ habitat, data=data.species.a)
require(car)
 Anova(fit, type="III")
require(agricolae)
comparison <- HSD.test(fit, "habitat", group=TRUE)

请注意，R 基础包( read this 了解更多详细信息)的作者对 SAS 类型 III 平方和的默认设置不屑一顾(有时甚至是彻头彻尾的 mock )。在“car”包中介绍该方法主要是为了进行比较，而不是作为关于统计正确性的建议。
添加对接受 SAS 标准非常谨慎的原因的引用:
Frank Harrell's comments re: loss of power和 Bill Venables' later comments in the same thread on r-help