python - VTK : how to read grid cells' lenth, 宽度和高度？

Question

我有一个 *.pvd 格式的巨大网格。我想确保在构建所述网格时遵守一些单元尺寸规范。为此，我应该获取一个包含 (dx,dy,dz) 的单元格数据数组

我首先尝试在 Paraview 中检查这一点，但收效甚微。然后我决定以各种格式(vtk、vtu、ex2)导出网格，并使用 vtk 模块将内容导入到 python 中，如下面的代码所示。不幸的是，网格的大小禁止它，我收到各种错误消息，指出“无法分配大小为 x 的 n 个单元”。

import vtk
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName("my_mesh.vtu")
reader.Update()

最后，在 Paraview 中，有一个 python-shell，允许我以 pvd 或 vtk 格式打开网格文件:

>>> from paraview.simple import *
>>> my_vtk = OpenDataFile("my_mesh.vtk")
>>> print dir(my_vtk)

尽管我浏览了该读取器对象的方法和属性，但我仍然不知道在哪里获取网格上的任何几何信息。我还浏览了simple module documentation我真的无法理解它。

那么如何从 paraview.servermanager.LegacyVTKReader 对象中检索有关单元格几何形状的信息呢？

关于如何通过 paraview GUI 实现此目的的任何线索，或者尽管存在内存问题但将 vtk 对象加载到 python vtk 中的任何组装也非常受欢迎。抱歉问了这么模糊的问题，但我真的不知道从哪里开始......

Answer 1

您可以使用 GetClientSideObject() (请参阅 here )在 Paraview Python shell 中获取 VTK 对象。之后您就可以使用所有常规 VTK Python 函数。例如，您可以在 Paraview Python shell 中编写以下内容

>>> from paraview.simple import *
>>> currentSelection = GetActiveSource()
>>> readerObj = currentSelection.GetClientSideObject()
>>> unstructgrid = readerObj.GetOutput()
>>> firstCell = unstructgrid.GetCell(0)
>>> cellPoints = firstCell.GetPoints()

或者，您可以使用 Programmable Filter在 ParaView 中。这允许访问完整的 VTK python 模块，甚至 NumPy 或其他模块。您可以在可编程滤波器的脚本窗口中输入以下脚本:

import vtk as v
import numpy as np

inp = self.GetUnstructuredGridInput()
cells = inp.GetCells()
cells.InitTraversal()
cellPtIds = v.vtkIdList()
lenArr = v.vtkDoubleArray()
lenArr.SetNumberOfComponents(3)
lenArr.SetName('CellSize')
while cells.GetNextCell( cellPtIds ):
    pts = []
    for i in range( cellPtIds.GetNumberOfIds() ):
        ptCoords = inp.GetPoint( cellPtIds.GetId(i) )
        pts.append( ptCoords )    
    pts = np.array( pts )
    dx = np.max(pts[:,0]) - np.min(pts[:,0])
    dy = np.max(pts[:,1]) - np.min(pts[:,1])
    dz = np.max(pts[:,2]) - np.min(pts[:,2])
    lenArr.InsertNextTuple3(dx, dy, dz)
out = self.GetUnstructuredGridOutput()
out.ShallowCopy( inp )
out.GetCellData().AddArray( lenArr )

在 Paraview 中，当您在管道中选择“ProgrammableFilter1”图标时，您将可以从下拉列表中使用一个新的单元格数据数组，如下面的屏幕截图所示。您可以修改上面的脚本，将数据保存到文件中以便外部分析。