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我正在使用 Python 3.6.2 和 numpy。
我正在编写代码来可视化有限元模型和结果。
可视化代码要求有限元网格节点和元素通过索引进行标识(从零开始,没有间隙),但输入模型基于 ID,并且在 ID 空间中可能有非常大的间隙。
因此,我正在处理所有节点和元素,并将它们更改为使用索引而不是 ID。
节点是
第一步是处理节点数组和节点坐标。这对我来说是排序的,所以我不需要对坐标做任何事情 - 我只使用节点坐标数组的索引。但我确实需要将元素的连接重新定义为基于索引而不是基于 ID。
为此,我通过迭代节点 id 数组并使用其 ID 作为键、索引作为值将每个节点添加到字典中来创建一个字典
在下面的代码片段中,
model.nodes 是一个包含所有 Node 对象的字典,以它们的 id 为键
nodeCoords 是一个预先分配的 numpy 数组,我在其中存储节点坐标以供以后在可视化中使用。我稍后需要使用这个数组的索引来重新定义我的元素
nodeIdIndexMap 是一个字典,我使用 Node ID 作为键、nodeCoords 的索引作为值来填充
代码:
nodeindex=0
node_id_index_map={}
for nid, node in sorted(model.nodes.items()):
nodeCoords[nodeIndex] = node.xyz
nodeIdIndexMap[nid] = nodeIndex
nodeIndex+=1
然后我迭代所有元素,在字典中查找每个元素节点 ID,获取索引并将 ID 替换为索引。
在下面的代码片段中,
代码:
tet4Index = 0
for eid, element in tet4Elements.items():
id[tet4Index] = eid
n1[tet4Index] = nodeIdIndexMap[element.nodes[0].nid]
n2[tet4Index] = nodeIdIndexMap[element.nodes[1].nid]
n3[tet4Index] = nodeIdIndexMap[element.nodes[2].nid]
n4[tet4Index] = nodeIdIndexMap[element.nodes[3].nid]
tet4Index+=1
上面的方法可以,但是很慢……处理 6,500,000 个 tet4 元素大约需要 16 秒(每个 tet4 元素有四个节点,每个节点 ID 都要在字典中查找,所以是 2600 万个)在包含 1,600,000 个条目的字典中进行字典查找。
所以问题是如何更快地做到这一点?在某些时候我会转向 C++,但现在我希望提高 Python 的性能。
如果有任何提高性能的想法,我将不胜感激。
谢谢
道格
最佳答案
根据您引用的数字和合理的硬件(8GB 内存),映射可以在不到一秒的时间内完成。坏消息是,从对象的原始字典中获取数据至少需要花费 60 倍的时间,至少对于我创建的模拟对象而言。
# extract 29.2821946144104 map 0.4702422618865967
但是也许您可以找到某种批量查询节点和 tets 的方法?
代码:
import numpy as np
from time import time
def mock_data(nn, nt, idf):
nid = np.cumsum(np.random.randint(1, 2*idf, (nn,)))
nodes = np.random.random((nn, 3))
import collections
node = collections.namedtuple('node', 'nid xyz')
tet4 = collections.namedtuple('tet4', 'nodes')
nodes = dict(zip(nid, map(node, nid, nodes)))
eid = np.cumsum(np.random.randint(1, 2*idf, (nt,)))
tet4s = nid[np.random.randint(0, nn, (nt, 4))]
tet4s = dict(zip(eid, map(tet4, map(lambda t: [nodes[ti] for ti in t], tet4s))))
return nodes, tet4s
def f_extract(nodes, tet4s, limit=15*10**7):
nid = np.array(list(nodes.keys()))
from operator import attrgetter
ncoords = np.array(list(map(attrgetter('xyz'), nodes.values())))
tid = np.array(list(tet4s.keys()))
tnodes = np.array([[n.nid for n in v.nodes] for v in tet4s.values()])
return nid, ncoords, tid, tnodes, limit
def f_lookup(nid, ncoords, tid, tnodes, limit):
nmx = nid.max()
if nmx < limit:
nlookup = np.empty((nmx+1,), dtype=np.uint32)
nlookup[nid] = np.arange(len(nid), dtype=np.uint32)
tnodes = nlookup[tnodes]
del nlookup
else:
nidx = np.argsort(nid)
nid = nid[nidx]
ncoords = ncoords[nidx]
tnodes = nid.searchsorted(tnodes)
tmx = tid.max()
if tmx < limit:
tlookup = np.empty((tmx+1,), dtype=np.uint32)
tlookup[tid] = np.arange(len(tid), dtype=np.uint32)
else:
tidx = np.argsort(tid)
tid = tid[tidx]
tnodes = tnodes[tidx]
return nid, ncoords, tid, tnodes
data = mock_data(1_600_000, 6_500_000, 16)
t0 = time()
data = f_extract(*data)
t1 = time()
f_lookup(*data)
t2 = time()
print('extract', t1-t0, 'map', t2-t1)
关于python - 寻找更好的算法或数据结构来改进从 ID 到索引的连接转换,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/47823141/
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