anaconda - 没有使用 Spyder 的名为 'dolfin' 的模块

Question

我一辈子都得不到dolfin与 Spyder 一起运行.我一开始就是这么想的。我设法让它以某种方式运行，但不是以一种方便的方式。情况如下:

错误
conda activate fenics , spyder , from dolfin import * : No module named 'dolfin' .

什么有效

conda activate fenics , python , from dolfin import * : 首先工作。

conda activate fenics , ipython , from dolfin import * : 经过一些调整后工作。

conda activate fenics , spyder , from dolfin import * : 经过一些调整后工作。

到目前为止我做了什么

我安装了 anaconda使用建议从 conda 下载。

运行 conda create -n fenics -c conda-forge fenics , conda install fenics和 conda activate fenics安装并激活 fenics 环境。

然后开始 python并执行 from dolfin import *作品。 :)
在 ipython 中运行相同的命令不起作用。使用 conda list我发现

    ...
    hdf5
    hypre
    icu
    isl
    jedi
    ...

没有 ipython在列表中和 which与 python和 ipthon产量

    /home/hannes/anaconda3/envs/fenics/bin/python
    /home/hannes/anaconda3/bin/python

因此， conda install ipython , ipython和 from dolfin import *也可以! :)
运行 spyder和 from dolfin import *抛出与 ipython 相同的错误之前: No module named 'dolfin' .也许 spyder在 fenics 的环境中也不可用吗？ conda list ...不，不在那里。现在开始有趣的部分... :( . conda install spyder和 which spyder产量

    /home/hannes/anaconda3/envs/fenics/bin/spyder

但是，运行 spyder抛出错误

    libGL error: unable to load driver: r600_dri.so
    libGL error: driver pointer missing
    libGL error: failed to load driver: r600
    libGL error: unable to load driver: r600_dri.so
    libGL error: driver pointer missing
    libGL error: failed to load driver: r600
    libGL error: unable to load driver: swrast_dri.so
    libGL error: failed to load driver: swrast
    Segmentation fault (core dumped)

这似乎是一些opengl问题。来自 github issue 6968 的解决方案, conda install pyopengl , 没有帮助 :( ;还是一样 libGL错误。因此， conda uninstall spyder , spyder至少还给了我spyder。

到目前为止我最好的线索

我尝试通过添加将模块添加到 PYTHONPATH

    export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:/home/hannes/anaconda3/envs/fenics/lib/python3.6/site-packages/"

至 .bashrc并运行不在 fenics 环境中的 Spyder。没有成功，虽然我不确定我是否正确地执行了这一步。为什么， conda activate fenics , spyder和 sys.path吐出:

    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/spyder
    /home/hannes/anaconda3/lib/python36.zip
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/lib-dynload
    /home/hannes/.local/lib/python3.6/site-packages
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/site-packages
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/IPython/extensions
    /home/hannes/.ipython

由于那不起作用，我得到了 from dolfin import *跑完工作 conda activate fenics , ipython

    import sys
    sys.path.append('/home/hannes/anaconda3/envs/fenics/lib/python3.6/site-packages')

由于这只是一种临时解决方法(每次启动 Spyder 时我都必须添加它)，我对永久修复感兴趣。

我会很感激任何帮助:)。

汉内斯

Answer 1

(这里是 Spyder 维护者)自从 Spyder 3.3.1 (将在几天后发布)，解决方案如下:

激活您的环境

安装 spyder-kernels在那里打包，使用以下命令:
conda install spyder-kernels=0.*

也在那里运行(在系统终端中)
python -c "import sys; print(sys.executable)"
并复制该命令返回的路径。

停用您的环境并从您的根或基础启动 Spyder。

去
Tools > Preferences > Python Interpreter > Use the following interpreter
并粘贴您在步骤 3 中获得的路径。

启动一个新的 IPython 控制台并运行
from dolfin import *
它现在应该可以工作了。