python - 如何在不使用biopython的情况下将多行fasta文件转换为单行fasta文件

Question

我有几个大的 fasta 文件，其中序列保存在多行中。

>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTA
TGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGT
ACGTAGTGCAG
...

我想将其转换为 fasta 文件，其中序列组合成一行。

>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTATGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGTACGTAGTGCAG
...

我的 fasta 文件非常大，因此我需要一种节省内存的方法(因为序列文件比我的内存大)。因此我无法使用 Biopython (下面有一个解决我的 Biopython 问题的解决方案，以防这对任何人有帮助，这是来自 Biostars )。

from Bio import SeqIO
import re

def multi2linefasta(indir,outdir,filelist):
    for items in filelist:
        mfasta = outdir +"/"+re.sub('\..*','',items)+'_twoline.fasta'
        ifile = open(indir+'/'+items,'rU')
        with open(mfasta, 'w') as ofile:
            for record in SeqIO.parse(ifile, "fasta"):
                sequence = str(record.seq)
                ofile.write('>'+record.id+'\n'+sequence+'\n')

Answer 1

以下命令将一次一行处理您的文件:

with open('input.fasta') as f_input, open('output.fasta', 'w') as f_output:
    block = []

    for line in f_input:
        if line.startswith('>header'):
            if block:
                f_output.write(''.join(block) + '\n')
                block = []
            f_output.write(line)
        else:
            block.append(line.strip())

    if block:
        f_output.write(''.join(block) + '\n')

给你一个output.fasta，其中包含:

>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTATGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGTACGTAGTGCAG