r - R中的成对矩阵相关性 - 如何遍历所有对？

Question

我有 13 个不同维度的矩阵，我想在与自定义函数(计算 Rv 系数)的成对矩阵相关中使用它们。该函数接受两个参数(matrix1、matrix2)并产生一个标量(基本上是一个多变量 r 值)。我想在所有可能的矩阵对上运行该函数(因此总共有 78 个相关性)，并生成一个 13 x 13 的矩阵，其中包含结果 Rv 值的行和列中 13 个矩阵的名称。我想尝试通过将矩阵放在列表中并使用双 for 循环来遍历列表的元素来做到这一点，但这似乎非常复杂。我在下面给出了一个带有虚拟数据的精简示例。有没有人对如何解决这个问题有任何建议？提前致谢。

# Rv function  
Rv <- function(M1, M2) {  
    tr <- function(x) sum( diag(x) )   
    psd <- function(x) x %*% t(x)   
    AA <- psd(M1)  
    BB <- psd(M2)  
    num <- tr(AA %*% BB)  
    den <- sqrt( tr(AA %*% AA) * tr(BB %*% BB) )  
    Rv <- num / den  
    list(Rv=Rv, "Rv^2"=Rv^2)  
}  

# data in separate matricies  
matrix1 <- matrix(rnorm(100), 10, 10)  
matrix2 <- matrix(rnorm(100), 10, 10)  
# ... etc. up to matrix 13  

# or, in a list  
matrix1 <- list( matrix(rnorm(100), 10, 10) )  
rep(matrix1, 13) # note, the matrices are identical in this example   

# call Rv function  
Rv1 <- Rv(matrix1, matrix2)  
Rv1$Rv^2  

# loop through all 78 combinations?  
# store results in 13 by 13 matrix with matrix rownames and colnames?  

Answer 1

我过去用的是expand.grid()其次是 apply() .这是一个仅使用 1:3 而不是 1:13 的简单示例。

R> work <- expand.grid(1:3,1:3)
R> work
  Var1 Var2
1    1    1
2    2    1
3    3    1
4    1    2
5    2    2
6    3    2
7    1    3
8    2    3
9    3    3
R> apply(work, 1, function(z) prod(z))
[1] 1 2 3 2 4 6 3 6 9
R> 

你显然想要一个不同的工作函数。