python - stan 向量参数的漂亮 pystan 跟踪图

Question

我正在 Stan 中进行多元回归。

我想要回归器/设计矩阵的 beta 向量参数的迹线图。

当我执行以下操作时:

fit = model.sampling(data=data, iter=2000, chains=4)
fig = fit.plot('beta')

我得到了一个非常可怕的图像:

我想要一些更用户友好的东西。我已经成功破解了以下内容，这更接近我所追求的。

我的 hack 插入 pystan 的背面，如下所示。

r = fit.extract() # r for results
from pystan.external.pymc import plots
param = 'beta'
beta = r[param] 
name = df.columns.values.tolist()
(rows, cols) = beta.shape
assert(len(df.columns) == cols)
values = {param+'['+str(k+1)+'] '+name[k]: 
    beta[:,k] for k in range(cols)}
fig = plots.traceplot(values, values.keys())
for a in fig.axes:
    # shorten the y-labels
    l = a.get_ylabel()
    if l == 'frequency': 
        a.set_ylabel('freq')
    if l=='sample value': 
        a.set_ylabel('val')
fig.set_size_inches(8, 12)
fig.tight_layout(pad=1)
fig.savefig(g_dir+param+'-trace.png', dpi=125)
plt.close()

我的问题 - 我肯定错过了一些东西 - 但是有没有一种更简单的方法可以从 pystan 获得我想要的矢量参数输出类型？

Answer 1

发现 ArviZ 模块在这方面做得很好。

ArviZ 可以在这里找到:https://arviz-devs.github.io/arviz/