python - 使用 python 将 newick 转换为 graphml

Question

我想将 newick 的树转换为像 graphml 这样的格式，我可以用 cytoscape 打开它。

所以，我有一个文件“small.newick”，其中包含:

((raccoon:1,bear:6):0.8,((sea_lion:11.9, seal:12):7,((monkey:100,cat:47):20, weasel:18):2):3,dog:25);

到目前为止，我就是这样做的(Python 3.6.5 |Anaconda):

from Bio import Phylo
import networkx
Tree = Phylo.read("small.newick", 'newick')
G = Phylo.to_networkx(Tree)
networkx.write_graphml(G, 'small.graphml')

Clade 有一个问题，我可以使用以下代码修复:

from Bio import Phylo
import networkx

def clade_names_fix(tree):
    for idx, clade in enumerate(tree.find_clades()):
        if not clade.name:
            clade.name=str(idx)

Tree = Phylo.read("small.newick", 'newick')
clade_names_fix(Tree)
G = Phylo.to_networkx(Tree)
networkx.write_graphml(G, 'small.graphml')

给我一​​些看起来足够好的东西:

我的问题是:

• 这是一个好方法吗？我觉得很奇怪，该函数不处理内部节点名称

• 如果用足够长的字符串替换一个节点名称，它将被命令 Phylo.to_networkx(Tree) 修剪。如何避免这种情况？

示例:将“dog”替换为“test_tring_that_create_some_problem_later_on”

Answer 1

看来您已经在这方面取得了很大进展。我只能对你的方法提出一些替代/扩展......

1. 不幸的是，我找不到可以读取这种格式的 Cytoscape 应用程序。我尝试搜索 PHYLIP、NEWICK 和 PHYLO。你可能会更幸运:

   • http://apps.cytoscape.org/

2. 有一个旧的 Cytoscape 2.x 插件可以读取此格式，但要运行此插件，您需要安装 Cytoscape 2.8.3，导入网络，然后导出为 xGMML(或另存为 CYS)并然后尝试在 Cytoscape 3.7 中打开，以便迁移回生活代码之地。话又说回来，如果 2.8.3 满足了您对这种特殊情况的需要，那么也许您不需要迁移:

   • http://apps.cytoscape.org/apps/phylotree

3. 最好的方法是程序化，您已经探索过。找到一个将 NEWICK 转换为 iGraph 或 GraphML 的 R 或 Python 包是一个可靠的策略。请注意，这些语言也有更新且灵活的 Cytoscape 库，因此您可以在脚本环境中完成所有标签清理、布局、数据可视化、分析、导出等操作:

   • https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html
   • https://py2cytoscape.readthedocs.io/en/latest/