r - 外循环的并行化在 REvolution 中有效，但在普通 R 中无效

Question

我正在尝试并行化外循环，同时按顺序运行内循环。以下代码在使用 doSMP 时适用于 Revolution包，但在使用 foreach 时它在基础 R 中不起作用和 doParallel包(Windows 机器上的两个 R 版本)。错误信息是:could not find function "%do%" .任何想法如何解决这个问题？

foreach(j = X, .combine = c) %dopar% { 
    Z=1
    foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
        paste(j, i, Z, sep = "") 
    } 
}

Answer 1

一般来说，如果你需要在 foreach 中使用一个包循环，您应该使用“.packages”选项指定它。对于 foreach 来说也是如此包本身:

library(doParallel)
cl <- makePSOCKcluster(3)
registerDoParallel(cl)
foreach(j = X, .combine = c, .packages='foreach') %dopar% { 
    Z=1
    foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
        paste(j, i, Z, sep = "") 
    } 
}

当您意识到 PSOCK 集群甚至不知道它正在被 foreach 使用时，这是有道理的。 .它只是一个普通的 PSOCK 集群。

请注意，可能没有必要使用某些并行后端指定所有必需的包。例如，使用 doMC，worker 会继承所有当前加载的包。但是，指定它们是一种很好的做法，以便代码更具可移植性。