python - rpy2:将 Python 中的 NA 表示为 R 函数的参数

Question

我正在尝试将 NA 传递给 R 函数，例如，仅使用固定效应(即没有随机效应)使用 lme4 混合模型进行预测:

import rpy2.rinterface as ri
from rpy2.robjects.packages import importr
rstats = importr('stats')
rstats.predict( mymodel, re_form=ri.NA_Logical )

但是，re_form=ri.NA_Logical 无法将 NA 传递给 re.form (我也尝试过别名 REform 、ReForm 等)，出于某种原因。有什么想法吗？

这个 R 函数: https://www.rdocumentation.org/packages/lme4/versions/1.1-20/topics/predict.merMod

Answer 1

这可能是泛型签名中的函数调度/省略号的问题(如果在泛型签名中使用省略号，rpy2 无法知道它应该将 . 转换为_ 表示未知的命名参数)。

尝试:

rstats.predict(mymodel, **{'re.form': ri.NA_Logical})

或者:

lme4 = importr('lme4')
lme4.predict_merMod(mymodel, re_form=ri.NA_Logical)

文档中的相关部分是 https://rpy2.github.io/doc/v3.0.x/html/robjects_rpackages.html#importing-r-packages和 https://rpy2.github.io/doc/v3.0.x/html/robjects_functions.html#rpy2.robjects.functions.SignatureTranslatedFunction (后者主要意味着文档就是代码)。

编辑:

还可以以创造性的方式将 R 代码与 Python 混合。例如:

myfunc = robjects.r('function (x) predict.merMod(x, re.form=NA)')
myfunc(mymodel)