python - Visual Studio 2019、Python 和 Neuron 模拟器

Question

我已启动并运行 Visual Studio Community 2019。我正在尝试将 Python 与 NEURON(7.2.536.15) 包一起使用。我的 Python 3.7(64 位)环境中有神经元包。如何将神经元模拟器加载到我的 Python 应用程序中？

命令:导入神经元生成:没有名为“神经元”的模块导入 NEURON 生成:没有名为“NEURON”的模块

如何将神经元模拟器加载到 VS Python

Answer 1

简短回答:

您需要compile NEURON from source使 Python 中的“导入神经元”工作。即使这样也可能会出现问题，正如 NEURON 官方网站在其 Win 编译页面中所说:“The instructions here may or may not still work.” '

更多详细信息:

pip 包“neuron”和“pyneuron”是相同的，并且已由另一组开发人员(不是主要的 NEURON 开发人员)发布，以便更轻松地在 Win 下导入神经元模块。似乎只支持 Python 2.7(而且只有 32 位？)。请参阅:https://bitbucket.org/uric/pyneuron/wiki/Home

还有一些其他尝试允许在 Win 下“从神经元导入 h”: https://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?t=2501

https://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?f=5&t=2604

如果您可以切换到 32 位 Python 2.7，该软件包可能仍然适合您。

但是，一般来说，如果您需要在 VS/Windows 下使用 NEURON+Python，我可以建议一些替代方案:

尝试使用“nrniv -python yourfile.py”命令启动 NEURON

此方法成功导入神经元模块。缺点是它首先启动 NEURON，然后运行脚本。没有办法延迟 NEURON 的加载。

使用 Ubuntu VM，但通过 VM 网络共享使用 Visual Studio 编辑文件

这样，您将使用经过最多调试的 NEURON 版本，但仍然具有使用 Visual Studio/Windows 的优势。

为了进行调试，您需要设置 python 远程调试(例如: https://donjayamanne.github.io/pythonVSCodeDocs/docs/debugging_remote-debugging/ )。

如果您将使用此路线，我有一个有关如何在 Ubuntu 下编译 NEURON 并确保它可以从 Python 导入神经元的教程:

https://neurojustas.wordpress.com/2018/03/27/tutorial-installing-neuron-simulator-with-python-on-ubuntu-linux/

为了使网络共享正常工作，我还有另一个教程:

https://neurojustas.com/2018/03/27/tutorial-share-ubuntu-folder-with-windows/

个人经历

我和你一样，最初尝试在 Windows 下运行 NEURON 和其他 comp-neuro 工具，但多年来我了解到 Windows 在 comp-neuro 社区中普遍支持不佳。他们的软件往往首先在 Ubuntu 或 MacOS 下开发，偶尔在 Win 下进行测试/支持。我什至让一些软件在 Win 下工作，但很快就被其他工具的问题淹没了。虽然我不得不经历学习Linux的麻烦，但comp-neuro的软件质量和对它的支持已经更好了。我在 Windows 上运行 Ubuntu VM，以获得两全其美的效果。