Python 函数不能在循环内工作

Question

我正在尝试创建一个代码来将基因文件与基因面板进行比较。基因面板文件为 csv 格式，包含染色体、基因、起始位置和结束位置。患者文件有染色体、突变和位置。所以我做了一个循环将基因面板信息传递给一个函数，在该函数中进行比较以返回相似项目的列表。当我使用手动数据调用该函数时，该函数效果很好。但不在循环内进行比较。

import vcf
import os, sys

records = open('exampleGenePanel.csv')
read = vcf.Reader(open('examplePatientFile.vcf','r'))

#functions to find mutations in patients sequence
def findMutations(gn,chromo,start,end):
    start = int(start)
    end = int(end)
    for each in read:
        CHROM = each.CHROM
        if CHROM != chromo:
            continue
        POS = each.POS
        if POS < start:
            continue
        if POS > end:
            continue
        REF = each.REF
        ALT = each.ALT
        print (gn,CHROM,POS,REF,ALT)
        list.append([gn,CHROM,POS,REF,ALT])
    return list

gene = records.readlines()

list=[]
y = len (gene)
x=1
while x < 3:
    field = gene[x].split(',')
    gname = field[0]
    chromo = field[1]
    gstart = field[2]
    gend = field[3]
    findMutations(gname,chromo,gstart,gend)
    x = x+1
if not list:
    print ('Mutation not found')
else:
    print (len(list),' Mutations found')
    print (list)

我想获取列表中匹配突变的详细信息。当我手动将数据传递给函数时，这按预期工作。例如.findMutations('TESTGene','chr8','146171437','146229161')但通过循环时不进行比较

Answer 1

问题是 findMutations 每次调用时都会尝试从 read 中读取，但在第一次调用后，read 已经被读取了。读完了，就什么都没有了。我建议在调用函数之前读取一次read的内容，然后将结果保存在列表中。然后 findMutations 每次调用时都可以读取该列表。

最好使用 list 以外的名称作为结果列表，因为该名称与 Python 内置函数冲突。让 findMutations 返回其结果列表而不是将其附加到全局中也会更好。