r - 在 Rstudio 中使用 RcppArmadillo 制作 R 包遇到错误 "undefined reference to dsyev"

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5年前关闭。




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我试图找出一个错误，该错误阻止我使用 RcppArmadillo 制作 R 包“whyNotWork”。该包仅包含一个 .cpp 文件，其中包含一个返回矩阵特征值的简单函数:

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <RcppArmadillo.h>

// [[Rcpp::export]]
arma::vec getEigenValues(arma::mat M) 
{
    return arma::eig_sym(M);
}

在描述文件中，我添加了:

Imports:
    Rcpp (>= 0.12.1), RcppArmadillo
LinkingTo:
    Rcpp, RcppArmadillo
Depends: RcppArmadillo

在 NAMESPACE 文件中，我添加了:

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
useDynLib(whyNotWork)
import(RcppArmadillo)
importFrom(Rcpp, evalCpp)

如果我没有尝试制作包，该功能可以正常工作——“源”按钮将成功加载该功能并且它可以正常工作。但是，在制作包时，点击“Build & Reload”按钮会出现以下错误:

arma.o:arma.cpp(.text$_ZN4arma6auxlib7eig_symIdNS_3MatIdEEEEbRNS_3ColIT_EERKNS_4BaseIS5_T0_EE[_ZN4arma6auxlib7eig_symIdNS_3MatIdEEEEbRNS_3ColIT_EERKNS_4BaseIS5_T0_EE]+0x28d): undefined reference to `dsyev_'

我在谷歌上搜索了“dsyev”，它似乎与 LAPCAK 有关。

一个办法:

在 src 文件夹中新建一个 .txt 文件。添加

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

在文件中。

将 txt 文件重命名为 Makevars.win(如果不是 Windows 系统，则没有 .win)。打包成功。

通过比较 RcppArmadillo.package.skeleton()生成的文件找到解决办法以及来自 Rstudio 的那些

Answer 1

你的操作系统是什么？

什么R CMD config LAPACK_LIBS返回？

您是自己构建 R 还是下载了二进制文件？

在大多数系统(Linux、OS X 等)上，R 将使用外部 LAPACK 库。在 Windows 上，它可能使用它自己的(减少的)LAPACK 副本，该副本缺少某些功能。

值得一提的是，您的程序在我的系统上使用外部 LAPACK 库构建得很好:

R> sourceCpp("/tmp/arma_sym.cpp")
R> v <- 1:4; getEigenValues(v %*% t(v))  
             [,1]
[1,] -2.33587e-15
[2,]  0.00000e+00
[3,]  2.33587e-15
[4,]  3.00000e+01
R>