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我有一个包含许多基因及其相互作用的图表。我有兴趣找到一个子图,其中一组特定基因的最大数量为图中的 A、B、C、D、E。
尝试了 BFS 算法以及连接组件。但不知道如何找到我感兴趣的基因的子图。
def bfs(G, gene, n):
"""
Using breadth-first search
returns a graph of breadth n starting at source gene.
"""
S = nx.algorithms.traversal.breadth_first_search.bfs_tree(G, source=gene, depth_limit=n)
return S
给定一个具有 V 个顶点和 E 个边的图 G(V,E) ,我想找到一个子图 G'(v,e),其中 v 是 V 的子集,这样 G' 包含我的最大节点数兴趣。
最佳答案
编辑虽然我认为我的原始代码(现在位于底部)很好,但我认为您可以使用返回集合的 node_connected_component(G,u)
做得更好与 u
位于同一组件中的节点。
让我解释一下下面的代码。首先,我将逐步介绍有趣的基因。对于第一个基因,我寻找它所在的 G 组件,然后找到同一组件中的所有其他有趣的基因。然后,当我查看每个后续有趣的基因时,我确保我还没有在与另一个相同的组件中遇到它。如果它是一个新组件,我会在同一组件中找到所有其他有趣的基因。最后,我找到了具有最有趣基因的组件。
component_count = {}
seen = {}
for source in interesting_genes:
if source not in seen:
reachable_nodes = nx.node_connected_component(G, source)
reachable_nodes_of_interest = [target for target in interesting_genes if target in reachable_nodes]
for node in reachable_nodes_of_interest:
seen[node] = True
component_count = len(reachable_nodes_of_interest)
source = max(component_count, key=component_count.get) #finds the node with the largest component_count
Gprime = G.subgraph(nx.node_connected_component(G, source))
<小时/>
看看the documentation对于single_source_shortest_path_length
。
seen = {source:False for source in interesting_genes} #if we've found the component of a node, no need to recalculate it.
component_count = {} #will count how many other interesting genes there are in a component
for source in interesting_genes:
if not seen[source]:
reachable_nodes_dict = nx.single_source_shortest_path_length(G, node)
reachable_nodes_of_interest = [target for target in interesting_genes if target in reachable_nodes_dict]
for target in reachable_nodes_of_interest:
seen[target] = True
component_count[source] = len(reachable_nodes_of_interest)
source = max(component_count, key=component_count.get) #finds the node with the largest component_count
Gprime = G.subgraph(nx.node_connected_component(G, source))
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