python - 如何编写 for 循环，以便程序针对一组 94 个 DNA 样本重复自身？

Question

我在 bash shell 中编写了一些代码(这样我就可以将其提交给我大学的 super 计算机)，以从我拥有的一批 DNA 提取物中编辑出污染物序列。本质上，这段代码的作用是从我所做的阴性提取空白 (A1-BLANK) 中获取序列，并从所有其他样本中减去它。

我已经弄清楚如何让它与各个样本一起工作，但我正在尝试编写一个 for 循环，以便小块代码将为每个样本重复自身，该文件的结果是 .sam 文件，每个样本都有一个唯一的名称，其中样本的正向和反向读取都被合并并编辑以防止污染。我已经广泛检查了堆栈溢出以寻求解决此特定问题的帮助，但还没有能够将相关的已回答问题应用到我的代码中。

以下是我尝试对名为 F10-61C-3-V4_S78_L001_R1_001.fastq 的单个示例执行的部分示例:

bowtie2 -q --end-to-end --very-sensitive \ ##bowtie2 is a program that examines sequence similarity compared to a standard
-N 0 -L 31 --time --reorder \
-x A1-BlankIndex \ ##This line compares the sample to the negative extraction blank
-1  /file directory/F10-61C-3-V4_S78_L001_R1_001.fastq 
-2 /file directory/F10-61C-3-V4_S78_L001_R2_001.fastq \ ##These two lines above merge the forward and reverse reads of the DNA sequences within the individual files into one file
-S 61C-3.sam ##This line renames the merged and edited file and transforms it into a .sam file

这是迄今为止我在该过程的这一小步骤中得到的信息:

for file in /file directory/*.fastq

do

bowtie2 -q --end-to-end --very-sensitive \
-N 0 -L 31 --time --reorder \
-x A1-BlankIndex \
-1  /file directory/*.fastq 
-2 /file directory/*.fastq \
-S *.sam

done

在生成的 slurm 文件中，我现在遇到的错误与 -S 命令有关。我不确定如何为每个合并和编辑的示例指定唯一的 .sam 文件名称。我是在 python 中编写 for 循环的新手(我唯一的经验是在 R 中)，我确信这是一个简单的修复，但我一直无法找到这个问题的任何具体答案.

Answer 1

这是第一次尝试。请注意，我假设 do 和 done 之间的整个片段是一个命令，因此需要延续标记 (\)。

另请注意，在我的示例中 "$file" 出现了两次。我对此感到有点不安，但您似乎在描述的示例中明确需要这一点。

最后请注意，我只是为 sam 文件指定了一个数字名称，因为我真的不知道您希望该名称是什么。

我希望这提供了足够的信息来帮助您入门。

#!/bin/bash
i=0
for file in /file/directory/*.fastq
do
     bowtie2 -q --end-to-end --very-sensitive \
      -N 0 -L 31 --time --reorder \
      -x A1-BlankIndex \
      -1 "$file"  \
      -2 "$file" \
      -S "$i".sam
      i=$((i+1))
done