r - 按相关性对来自rentrez的pubmed搜索进行排序

Question

我正在使用 R 中的rentrez 包搜索 PubMed，并希望按相关性对结果进行排序。目前，它们是按出版日期排序的。

library(rentrez)

query = 'regression to the mean[TITL]'
entrez_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
paper_data = entrez_summary(db="pubmed", id=entrez_search$ids)
dates = extract_from_esummary(paper_data, c("pubdate"))

Answer 1

据我了解，“相关性”信息与给定的搜索相关联(不是记录摘要或以后可能会下载的完整记录)，并且没有分数或类似内容说明给定搜索结果与返回数据的相关性通过 entrez 搜索。

另一方面，我认为sort=relevance争论正在做某事。如果您发送相同的搜索两次，则 ID 的顺序相同:

default_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
default_search_again = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
all(default_search$ids == default_search_again$ids)

.

[1] TRUE

而将订单设置为 relevance更改顺序:

rel_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30, sort="relevance")
default_search$ids == rel_search$ids

.

 [1]  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[25] FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE

稍后对摘要、获取和链接函数的调用应该保持这个顺序，所以这可能是跟踪相关信息的最简单(唯一？)方法？