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我有 3 维数据集 (100,64,3000)
,并且我正在使用多处理查找功能。我正在跨 channel 进行多处理。例如每个进程覆盖 64 个 channel 中的 8 个。这是我的代码
import numpy as np
import time
from multiprocessing import Process,current_process,Pool
sub=1
def cal_feature(ch):
data=np.load('data_{}.npy'.format(sub))
return np.mean(data[:,ch:ch+8,:],-1)
# multiprocessing
if __name__ == '__main__':
start = time.time()
ch=[i for i in range(0,64,8)]
with Pool(8) as p:
result = p.map(cal_feature,(ch) )
print(time.time()-start)
您可以通过这种方式创建虚拟数据。
import numpy as np
np.save('data_1', np.random.randint(0, 100, size=(100, 64, 3000)))
np.save('data_2', np.random.randint(0, 100, size=(100, 64, 3000)))
np.save('data_3', np.random.randint(0, 100, size=(100, 64, 3000)))
np.save('data_4', np.random.randint(0, 100, size=(100, 64, 3000)))
在我的代码中,我必须定义必须手动选取哪些数据sub=1
。我想修改上面的代码,使其选择 sub =1
,然后以多进程方式查找所有 channel 的功能。完成后,它会转到主题 2,依此类推。
编辑
ind_result=[result[i:i+8] for i in range(0,(len(sub)*8),8)]
for i,j in zip(sub,ind_result):
np.save('subject_0_{}'.format(i),np.concatenate((j),1) )
最佳答案
您面临多处理
的一个常见限制,即pool.map
仅接受一个可迭代参数。
您可以通过将 ch
和 sub
打包到一个元组中来解决这个问题,并使用 itertools.product
构建可迭代的参数(reference here) 。然后,您可以在 cal_feature
函数中解压这两个参数。
import numpy as np
import time
from multiprocessing import Pool
from itertools import product
def cal_feature(param):
sub, ch = param
data=np.load('data_{}.npy'.format(sub))
return np.mean(data[:,ch:ch+8,:],-1)
# multiprocessing
if __name__ == '__main__':
start = time.time()
ch=[i for i in range(0,64,8)]
sub = [1, 2, 3, 4]
# here's the magic
param_list = product(sub, ch)
print list(param_list)
# [(1, 0), (1, 8), (1, 16), (1, 24), (1, 32), (1, 40), (1, 48),
# (1, 56), (2, 0), (2, 8), (2, 16), (2, 24), (2, 32), (2, 40),
# (2, 48), (2, 56), (3, 0), (3, 8), (3, 16), (3, 24), (3, 32),
# (3, 40), (3, 48), (3, 56), (4, 0), (4, 8), (4, 16), (4, 24),
# (4, 32), (4, 40), (4, 48), (4, 56)]
p = Pool(8)
result = p.map(cal_feature,param_list )
p.close()
print(time.time()-start)
# 0.0117809772491
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