r - 如何在 gplots heatmap.2 中设置轴标签大小？

Question

我找不到为热图本身设置轴标签大小的方法。 cex.lab参数传递给 heatmap.2没有效果。调用 par(cex.lab = 2.5)对图例轴标签和标题有影响(这些都加在一起，我无法想象如果只想更改标题会怎样......)。无论如何，我的问题是关于热图轴标签大小。示例代码:

require(gplots)

data(mtcars)
x <- as.matrix(mtcars)
heatmap.2(x, ylab = 'foo bar', xlab = 'bar foo')
par(cex.lab = 5.0)
heatmap.2(x, ylab = 'foo bar', xlab = 'bar foo')

Answer 1

检验 heatmap.2代码它是不可能的设计。 heatmap.2电话image绘制热图，并将额外的关键字参数( ... )传递给它，因此调用 heatmap.2(..., cex.lab = n, ...)会成功，而且 image考虑 par ，所以也有可能。但是这里xlab和 ylab被替换为空字符串，并且刻度标签和轴标签都在稍后绘制:

# from gplots heatmap.2 source:
image(1:nc, 1:nr, x, xlim = 0.5+ c(0, nc), ylim = 0.5+ c(0, nr),
    axes = FALSE, xlab = '', ylab = '', col=col, breaks=breaks,
    ...)

然后绘制它使用的轴标签 mtext , 对 par 不敏感参数，但接受 cex参数，此处未提供:

# from gplots heatmap.2 source:
if(!is.null(xlab)) mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
if(!is.null(ylab)) mtext(ylab, side = 4, line = margins[2] - 1.25)

这意味着这些标签总是相同的大小，而热图有时很大，所以这可能是一个问题。也可以缩小图形设备，以及所有其他具有自定义选项的文本元素，然后轴标签的相对大小会更大。但是我们如何以更灵活的方式解决这个问题呢？我修改了这样的代码:

# gplots heatmap.2 code modified:
## add row and column headings (xlab, ylab)
cex.lab <- ifelse(invalid(match.call()$cex.lab), 1.0, match.call()$cex.lab)
if(!is.null(xlab)) mtext(xlab, side = 1,
                         line = margins[1] - 1.25 + cex.lab / 5,
                         cex = cex.lab)
if(!is.null(ylab)) mtext(ylab, side = 4,
                         line = margins[2] - 1.25 + cex.lab / 5,
                         cex = cex.lab)

唯一的问题是定位参数，现在是 cex.lab / 5 ，这样可以避免在合理范围内与刻度标签重叠，但是应该在函数中添加另一个参数，以便用户在不合适的情况下进行修改。

您可以复制 heatmap.2.R来自 gplots source进入你的工作目录，修改它并获取它:

source('heatmap.2.R')

但是，您还需要将这些行添加到开头:

require(gtools)
plot.dendrogram = stats:::plot.dendrogram