R - 如何向 pheatmap 添加行和文本？

Question

我正在使用 pheatmap() 创建热图函数使用以下代码:

library(pheatmap)
pheatmap((data_matrix[,1:11]), cluster_rows = F, cluster_cols = F, scale="none",
     show_rownames=F, treeheight_row = F, 
     color=colorRampPalette(rev(c("red","white")))(50),
     main="values", cex.main=1.2)

我想在某些位置添加文本和线条以指示组和百分比。
abline()和 text()不工作并且过度绘图到目前为止我没有成功。

最好的方法是什么？

谢谢，
菲利普

Answer 1

如果您查看 pheatmap 的源代码函数你会看到，在对数据进行一些摆弄之后，它调用了 heatmap_motor功能。

查看这个函数(它没有被导出，所以你必须输入 pheatmap:::heatmap_motor 才能看到它的源代码)你会看到它使用了来自 grid 的函数。包来绘制热图，因此使用 abline或 text不会工作，但是 grid.abline或 grid.text将要!

例如(请注意，坐标是通过试错过程找到的):

library(pheatmap)
library(grid)

a <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
pheatmap(a, cluster_rows = F, cluster_cols = F)

grid.text(1:100, x=rep(seq(0.05, 0.91, length.out=10), 10), 
          y=rep(seq(0, 1, 0.1)+0.05, each=10))