python - 奇点容器+Python+PyTorch : Why does 'import torch' work on Arch Linux host but fails on Centos 7 host?

Question

我正在尝试构建一个奇点容器，以便在基于 CentOS 7 的集群上运行 Python 脚本。容器在我的主机上按预期运行，我也用它来创建容器，但一旦导入 PyTorch，它就会在集群上失败。

可以使用此最小定义文件构建容器来重现该问题:

debug.def:

Bootstrap: arch

%runscript
    exec /usr/bin/python3 -c 'import torch; print(torch.__version__)'

%post
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Basic setup from
    # https://github.com/sylabs/singularity/blob/master/examples/arch/Singularity
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Set time zone. Use whatever you prefer instead of UTC.
    ln -s /usr/share/zoneinfo/Europe/Berlin /etc/localtime

    # Set the package mirror server(s). This is only for the output image's
    # mirrorlist. `pacstrap' can only use your hosts's package mirrors.
    echo 'Server = https://mirrors.kernel.org/archlinux/$repo/os/$arch' > /etc/pacman.d/mirrorlist

    pacman -Sy --noconfirm gawk sed grep

    # Set locale. Use whatever you prefer instead of en_US.
    echo 'en_US.UTF-8 UTF-8' > /etc/locale.gen
    locale-gen
    echo 'LANG=en_US.UTF-8' > /etc/locale.conf

    pacman -S --noconfirm python python-pytorch

    pacman -S --noconfirm pacman-contrib
    paccache -r -k0

它是使用sudo单一构建debug.sif debug.def构建的。容器和我的主机都运行在 Arch Linux 上。

在我的主机上执行容器会输出 PyTorch 版本:

schellsn@host $ singularity run debug.sif
1.3.1

在集群上运行它会导致以下错误:

schellsn@cluster tmp$ singularity run debug.sif
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python3.8/site-packages/torch/__init__.py", line 81, in <module>
    from torch._C import *
ImportError: libQt5Core.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

我不明白为什么找不到该文件，因为它应该包含在容器中:

schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> ls -l /usr/lib | grep libQt5Core
-rw-r--r--  1 root root      1166 Nov 11 23:40 libQt5Core.prl
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5 -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13 -> libQt5Core.so.5.13.2
-rwxr-xr-x  1 root root   5275240 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13.2

我假设导入时搜索中不包含相应的路径，并且我的主机上不会出现此问题，因为某些环境设置泄漏到容器中。我还尝试使用 Sylabs Remote Builder 但它似乎无法构建 Arch 容器(pacstrap 在 $PATH 中找不到)。尝试在其中一个节点上构建容器会导致同样的问题； Pacstrap 和 pacman 不可用。

我已经束手无策，非常感谢任何解释这种行为的提示!为什么找不到共享库以及如何修复该问题？

更新#1:

这是 LD_LIBRARY_PATH 环境变量的内容(响应@tsnowlan)。

Arch Linux 主机:

schellsn@host tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64
schellsn@host tmp$ singularity shell evpt_debug.sif
Singularity evpt_debug.sif: ~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/.singularity.d/libs

CentOS 7集群节点:

schellsn@cluster tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
/.singularity.d/libs

更新#2:

我确实设置了一个新的干净虚拟机(也运行 arch)，并在那里重建容器。这个容器显示了同样的问题；它在我的主机上运行，​​但不在 CentOS 7 集群上运行。

Answer 1

我遇到了同样的问题:CentOS 7 主机和 Arch Linux 容器(Python 3.8.1/Pytorch 1.3.1)。以下链接目前似乎已经解决了我的问题。

https://superuser.com/questions/1347723/arch-on-wsl-libqt5core-so-5-not-found-despite-being-installed

编辑:从链接来看，这个命令对我有用

sudo strip --remove-section=.note.ABI-tag /usr/lib64/libQt5Core.so.5