python - Snakefile 的各种迭代都会给出相同的错误

Question

我正在尝试使用 Snakemake 来构建生物信息学管道。为了测试它，我制作了以下蛇文件。

我有一个包含各种 fastq.gz 文件的目录(例如 K1_R1.fastq.gz、K1_R2.fastq.gz、K2_R1.fastq.gz 等)，并且我正在它们上运行 fastqc。

SAMPLES = [ "K1", "K2", "W1", "W2" ]
REPLICATE = ['R1', 'R2']

PathtoWD = '/home/hbanduk/scratch/working_projects_2020/'

rule fastqc:
    input:
        "expand(PathtoWD + "/raw_data/{sample}_{replicate}.fastq.gz", sample=SAMPLES, replicate=REPLICATE)"
    output:
         PathtoWD + "/fastqc_raw_reads/{sample}_{replicate}_fastqc.zip",
         PathtoWD + "/fastqc_raw_reads/{sample}_{replicate}_fastqc.html"
    shell:
        "fastqc {input} -o /home/hbanduk/scratch/working_projects_2020/fastqc_raw_reads"

当我运行时，

snakemake -np snakefile

我收到以下错误:

SyntaxError in line 9 of 
/scratch/hbanduk/working_projects_2020/Snakefile:
invalid syntax

我已经尝试了该文件的许多排列，但我不断收到相同的错误(有时对于其他行)。

任何意见都将不胜感激。

Answer 1

Chris_Rands 关于双引号中的双引号的观点应该可以修复语法错误，但您可能希望完全删除 expand() 周围的引号。即:

expand(PathtoWD + "/raw_data/{sample}_{replicate}.fastq.gz", sample=SAMPLES, replicate=REPLICATE)

而不是

"expand(...)"