python - 如何在Python中访问csv文件的特定单元格

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我有以下CSV文件:

Sample,Forward,Reverse
Micro1,EF30159600_EF30159600,EF30159601_EF30159601
Micro2,EF30159603_EF30159603,EF30159604_EF30159604
PseudaA,EF30159607_EF30159607,EF30159608_EF30159608

以及以下代码:

#!/miniconda/bin/python
import csv

with open("/home/lamma/local-blast/scripts/test.csv", 'r') as file:
    samples = csv.reader(file)
    for row in samples:
        print(row[1])

我希望能够首先打印一行，例如:

Micro2,EF30159603_EF30159603,EF30159604_EF30159604

而不是:

Sample
Micro1
Micro2
PseudaA

目前正在发生。

但我也希望能够迭代 CSV文件并提取每一列，这样就EF30159603_EF30159603例如。我希望这样做，因为我需要使用第 2 列和第 3 列中的值(文件名)，然后使用第 1 列中的值重命名这些文件。

如有任何帮助，我们将不胜感激:)

编辑:

在 @accdias 的帮助下添加我得到的最终代码

with open(args.csv, 'r') as file:
    samples = csv.reader(file)
    for row in list(samples)[1:]:
        os.rename(args.path + '/' + row[1] + '.seq', args.path + '/' + row[0] + '_1.fasta')
        os.rename(args.path + '/' + row[2] + '.seq', args.path + '/' + row[0] + '_2.fasta')

Answer 1

总结我的评论，您可以执行类似的操作，以更直观的方式迭代 CSV 文件中的行:

import csv

csvfile = '/home/lamma/local-blast/scripts/test.csv'

with open(csvfile) as f:
    rows = csv.reader(f)

    headers = next(rows)

    for sample, forward, reverse in rows:
        # do something with sample, forward, and reverse
        # rinse and repeat

这是使用 pathlib 和 f-strings 更新代码的替代方案(正如我在评论中所说，它需要 Python 3.6+):

import csv
from pathlib import Path

# I'm assuming you are processing args somewhere else
# in your code
path = Path(args.path)
csvfile = Path(args.csv)

with csvfile.open() as f:
    rows = csv.reader(f)

    headers = next(rows)

    # avoid using generic indexed elements of rows
    # for clarity in the code
    for sample, forward, reverse in rows:
        # process forward sample file
        seq = path / f'{forward}.seq'
        fasta = path / f'{sample}_1.fasta'

        if seq.exists():
            seq.rename(fasta)

        # process reverse sample file
        seq = path / f'{reverse}.seq'
        fasta = path / f'{sample}_2.fasta'

        if seq.exists():
            seq.rename(fasta)

希望对您有所帮助。